たとえば、リュウミンではなく、OS付属のヒラギノPro書体だと、
<20BB7>で置換できると思います。
リュウミン（モリサワ）は、セット内容などによって、
対応文字種がPro Adobe-Japan 1-4 準拠だったり1-5だったりするので、
「つち吉」の検索の場合は、1-5以上のopentypeをご使用されるのがいいのではないでしょうか。
http://www.morisawa.co.jp/font/products/list/detail.php?p=261
で6000円ちょっとでアップグレードできますね。

CID番号とUnicode番号の対応がフォントによってバラバラなのが
原因なので、Unicode番号で置換するのは非常に危険であると思います。
CID番号で置換できればいいのですけどね。
これはCS3からできるようになりました。
【参考】
http://study-room.info/id/study/cs3/study16.html

土吉はJISにはありません。Unicodeの20BB7を調べると、
これは台湾からの提案でUnicodeに入ってる模様です。
【参考2】
http://www.unicode.org/cgi-bin/GetUnihanData.pl?codepoint=20BB7

だから、和文フォントにおいては外国語の文字扱いにならざるを得なかった
のではないでしょうか。
フォントにおいて独立したコードを与えるか、単に「吉」の異体字扱いとするか
はフォントメーカーのその時の判断に依ったのでしょう。
ちなみに梯子高もJISにはないのですが、WindowsのIBM拡張漢字に入っていた為、
フォントによるUnicode番号の「揺れ」はない模様です。

http://www.fontworks.com/products/maijikei/index.html

ざっと読んだだけなんですけど、このプラグインは
CID番号によるグリフ置換をCS/CS2環境で実現するもののようです。

他にも同様のスクリプトやらなんやらをどこかで見た記憶があるのですが
失念、失礼。

> 字形パレットだとユニコードは5409となっていますが

解決方法じゃなくて申し訳ないですが、理屈だけ。Adobe-Japan1-4のリュウミン Proは（まだ0面以外は規定されていない）Unicode 3.0フォントなので、5桁のUnicode値には対応していません。言い方を変えると、フォント内部のcmapテーブルにU+20BB7→CID=13706のマッピングが存在しません。このためInDesignでは、CID=13706はU+5409のaalt 1という扱いになります。Adobe-Japan1-5のリュウミン Pr5ならUnicode 4.0フォントなので、素直にU+20BB7→CID=13706です。

NAOIさん：

ブログ、いつも参考にさせていただいています。