検索と置換の不具合？

お世話になっております，urodemaともうします．

Windows XP，InDesign CS4 (6.0.6) を使用しております．

検索と置換について質問させて頂きます．

化学式にて，ブラケットで全体を囲んでいる場合はブラケットをトルという要望がお客様から来ました．
例：［Hf（BH₄）₄］
→ Hf（BH₄）₄ としたい．
　注）_?は下付きを適用しています．

なので，検索条件は "^[\[［]([^\[［]+)[\]］]$" とし，置換式を "$1" としました．
しかし，いざ置換してみると，文字スタイルの適用されている部分がズレて置換されてしまいます．

実際に置換されるもの
→ Hf（BH4_）4 となってしまいます．

ちなみに，置換式を "$1ab" とした場合は，"Hf（BH4_）4_ab" となりました．

今回は数が少ないので検索したものを手で直していますが，
数が多い場合など皆様どういうふうにしていますか？
あと，CS5以降でも同じ現象が起きるのでしょうか？

以上，よろしくお願いします．