クリさんと同じバージョンで同じ事になって、ネット検索してみましたが
解決策が見つかりません。
横組みは横組みに配置できて、縦組みは横組みになってしまいます。
文字ボックスを選択して、書式→組み方向で縦に変えるとどうも元通りになる様ですが...。

スズさん、ありがとうございます。
みなさん、なるんですね。
こんなときどうしてるんでしょうかねぇ。
そういうことならしかたないので、オブジェクトスタイルに縦組のものを作り、それを割り当てて使うことにします。（スタイルで設定しておくと、ドキュメントにもってきても変わることはないようです。）
何か解決策がありましたら、また宜しくお願い致します。

試してみたところ、手もとのMacでは再現しましたが、別のMacでは再現しませんでした。
環境はどちらもOS X（10.6.8）、InDesignはCS5.5（7.5.3）

両者で違ったのは、Folio関係のアップデートです。
前者はインストールしたままの状態、後者はアップデート（1.7.0）が当ててありました。
前者のMacもアップデートしたところ、縦組を維持して配置できました。

おそらく、Folio Producer ToolsとFolio Builder panelのいずれかのアップデートでその不具合が修正されているのではないかと思われます。

オブジェクトスタイルだと出来ました。
Folioを入れてみようとしたら、OS X 10.5だと無理でした...。（まだ古いデータの関係上あげられない...）OS X 10.6に上げた時に参考に致します。
クリさん、オメガさん、謎で困っていたので助かりました。情報有難うございます。

Folio Producer Toolsをインストール、アップデートしたら、直りました。
オメガさんっ！ありがとうございました。
あー、良かったです。