InDesignCS4の欧文合字について

はじめまして。
InDesignCS4にて欧文合字（リガチャ）が外れてしまうトラブルに悩んでいます。
MacOS10.5.8、CS4は6.0.6で英文を合成フォント（リュウミンL＋Times New Roman）で流してある部分の「fi」などの合字が外れてしまうことがありました。
OS10.6のマシンで開くと正常に表示されるので、最初はOSのバージョンが原因かと思ったのですが、検証を続けると10.5でも大抵は正常に開くようです。
欧文フォントのバージョン違いも疑ったのですが、バージョンを変えても変化ありません。再現性が低く、なかなか原因がわかりません。
同じような現象に遭遇した方はいらっしゃいますでしょうか。
ちなみに問題の欧文フォントはTrueType（Times New Roman.ttf）で
バージョンは5.0.1.3xと3.05を試してみました。
よろしくお願いします。

正常な状態でも、両端揃えの設定で流し込んだとき、改行位置の関係で文字間が大きく開くとリガチャは外れます。これが別のトラブルの副産物として起こったことがありました。
その時は行頭のタブかインデントの挙動がおかしく文字ずれが起こったためで、特定のマシンのみで起きるエラーだったので、そのマシンのInDesign初期設定ファイルを捨てる等で正常になったと思います。具体的に何をして戻ったかはよく覚えていません、すみません。

あれから何故か症状が再現できなくなって…よって検証しようがない状況に陥っています。
再現性が変わることからマシンの状況的な要因が大きいのかもしれないので、
原因としては不明ですが対処として初期設定削除は有効そうですね。また現象に遭遇したら試してみます。
情報ありがとうございました。