CS4以降の仕様（不具合？）です。
過去ログに同様の質問がありますが、参考になるでしょうか。
http://www2.rocketbbs.com/11/bbs.cgi?id=thats&mode=pickup&no=6745

オメガさん、ご回答ありがとうございました。
CS3→CS6に変えたばかりで、どこをいじるんだ？？とあちこちさがしてましたが、
一括変更、できなくなっちゃったんですね。。。
修正箇所多いので、かなりガックリです。
今まで便利に使っていたので、アドビのコメントフォームとやら、送ってみようと思います。

CS6、まだまだわからないことが多く、あちこち探しながらやっているので
また何かありましたらよろしくお願いいたします、ありがとうございました！

過去ログで、こにさんが示していた方法を試してみましたが（CS5.5です）
（変更されない）１番目のフレームグリッド＝最初に選択したフレームになるようです。
手順としては、あらかじめフレームグリッドを一つ複製しておいて、
そのフレームグリッドを最初に選択→変更したいフレームグリッドを全て選択→フレームグリッド設定で行数と文字数を変更→変更されなくていいフレームグリッドを次のスプレッドに移動して繰り返し。


少し別の方法も考えてみました。
【選択した全てのフレームグリッドの行数や文字数を揃えたい場合】
フレームグリッドの１つを目的の行数・文字数になるようにマウスでドラッグし変形→変更したいフレームを全て選択→オブジェクトメニューの変形を個別に再実行。
次ページ以降は変更したいフレームを選んで変形を個別に再実行を繰り返します。
変形を個別に再実行にショートカットを割り当てておくと良いです。

【大きさがそれぞれ異なる場合など、フレーム毎に行数・文字数を増減したい場合】
スクリプトで処理します。各フレーム毎にgeometricBoundsを組方向に応じて必要な回数+1や-1を繰り返して変形させます。（CS4以降ではフレームグリッドの場合、文字・行単位で増減するので。）
スクリプトの書き方次第では連結されたフレーム全てを処理することもできるはずです。

オメガさんが提案してくださった
「～～～オブジェクトメニューの変形を個別に再実行」ってやつで、かなり作業が楽になりました！

しかも、「変形の再実行」があるのを知りませんでした・・・（恥）
イラレみたいにあるといいのに・・・と思っていたので、今後活用したいと思います。

変更されないオブジェクトの件、私の書き込み間違いです。
「最初に選択したオブジェクトが変更しません」、失礼いたしました。

オメガさん、丁寧なご教授、ありがとうございました!!!