InDesignCSの出力で文字抜け

はじめまして。
今年の春頃から会社でOSX10.3.8に移行し、CSを使い始めました
最近プリンタ出力やフィルム出力で文字の一部がInDesignCSでぬける現象が起こり始め困っております

１　InDesignCSから直接出力をした場合
２　InDesignCSからEPS書き出しをして出力した場合
※EPS書き出しで文字ぬけが起きたEPSファイルはPDFにしても同様に文字が抜けます
※フォントのダウンロードを「サブセット」や「完全」にしても同様に文字が抜けます

環境はPowerPCG5デュアル1.8GHzのメモリ2G
AdobeCreativeSuiteをメインで使用
ダイナフォントのオープンタイプ100書体をSuitcaseX1で管理
ATOK17を使用して文字入力
ファイルの管理にVersionCueを一部使用

文字が抜けるに場合は1バイトが多いのですが希に２バイトの文字がぬけます
1234567890　→　1 4 78 9　の様な感じです
特定の書体というのはないのですが使用頻度の高いゴシック系に多く見らませす
ダイナフォントしか使用してないので他のメーカーのフォントでも起こるのかは不明です

再度出力をし直せば出ることが多いのですが、特定のファイルということでなく、
他のmacでも文字が抜けたり抜けなかったり原因が不明です。
各メーカーに問い合わせてみたのですが、事例がないとのことです

やってみたことは
SuitcaseX1のオートアクティベーションのプラグインを外す
AdobeFnt07.lstやAdobeFnt05.lstの削除
InDesignCSの初期設定の削除
SuitcaseX1の削除とダイナフォントの再インストール

最終的にはすべてを再インストールだと思いますが原因がわからないままでは
この先が心配です

長々となりましたが、原因は何が考えられるのでしょうか？

非常に興味深いご質問です。
当方、wndowsXP、indesign cs、ほとんどダイナフォントをメインに、
EPS書き出ししてCTP出力していますが、いまだそのようなことはありません。
ご質問を読み、ちょっと心が凍る思いがしました。