濁点や半濁点を別の文字として扱い、合成しているOSXでは「そういう動作をするもの」とあきらめていただくしかありません。
ですが、解決策はあります。

「書式」メニューの「テキスト変数」を使い、
新しい変数を定義します。
名前はわかりやすいものを付けて、
その種類を「ファイル名」にしてください。
その後、ドキュメント設定の「印刷可能領域」を
10～12mm程度に増やし、マスターページ上で
テキストフレームをひとつ作り、そこに
「書式」→「テキスト変数」→「変数を挿入」で、
先ほど作った名前の変数を挿入すると、ファイル名が
出てくるはずです。
なお、ファイル名に使うご希望の段落スタイルを
別に設定・割り当てしてください。