アラートが出ても出力できるようであれば、どちらでも問題ないです。
ただ、AdobeのHPを見て頂ければわかると思いますが、AdobeはとくにCS以降においてネイティブファイルでの運用を推奨しています。

# 8だと、ai形式で保存してもアラートが出たような記憶が……。保存オプション次第だったかな？

> AdobeはとくにCS以降においてネイティブファイルでの運用を推奨しています。
でもねー、イラレのネイティブファイル.ai配置だと出力できないことがけっこうありますね。
epsで配置すると大丈夫なんですけどね。
OKIのML1055psやFUJIのCelebraNTです。
パターンスオッチ使ってたので一度だめだったような。
今日もイラレCS2の.aiをInDesignCSに配置したらマイクロラインで出なかったんだよね。

> イラレのネイティブファイル.ai配置だと出力できないことがけっこうありますね。

なるほど。RIPの種類にもよるんでしょうかね。
うちはFUJI XEROXのDocuPrint C626PSというのを使っていますがai配置で
出なかったことはないです。

ありがとうございます
CSの出力の手引きのpdfを手に入れました
配置画像に関しては、PSD形式、AI形式、PDF形式と見出しがありますが、本文にEPS形式が一般的とありますのでいいんでしょうね…　EPSのほうがなぜか安心感があるような…
＞今日もイラレCS2の.aiをInDesignCSに配置したらマイクロラインで出なかったんだよね。
納品はAIなのですか？

前にこのBBSで問題になったOS X＋CSの環境で，Photoshop EPSがバイナリー不可でASCII推奨ということと関連がありそうな気がします。
もっともイラレのepsの保存オプションASCIIとバイナリーの区別がないけど。

passangerさんへ
>前にこのBBSで問題になったOS X＋CSの環境で，Photoshop EPSがバイナリー不可でASCII推奨ということと関連がありそうな気がします。
最近のInDesignは直接リンク配置されたバイナリPhotoshopEPSをアスキーに変換するというこれまでのDTPの常識では考えられないことをやってくれます。

>もっともイラレのepsの保存オプションASCIIとバイナリーの区別がないけど。
IllustratorにリンクでEPSを配置した場合、(プレビューをとり除き)そのまま保存EPSに含まれます(バイナリEPSを含んだEPSを作ることができてしまいます)。
これをInDesignに配置した場合、InDesignは手を貸してくれませんので、バイナリ通信のできない接続によるPostScriptプリントはできないですね。

#別件になりますが、最近のイラレにバイナリEPSを配置してると編集できなくなるって話は、聞いたことないですか?
#http://61.114.199.123/cgi-bin/rubbs/DTPtechNote.cgi?top=943
#先生曰く「そもそも、イラレは埋め込め」(私もそう思います)。

sayaさんへ
>EPSのほうがなぜか安心感があるような…

どっちでもいいと思いますが、私は、Adobe的には便利だからネイティブ推奨したいのであろうと解釈してます。
EPSは使い方知ってるならDTP的にある意味確実で速いです。でもそれしかメリット無いと言えばその通りだし、最初分かりにくいし(プロ指向?)。
#ネイティブって5年後も使えるデータなのかなぁ(独り言)。

ただもしも、InDesignから直にPDFを書き出して出稿予定でしたなら、常にInDesignからPostScriptプリントしてはいけない(面倒でもAcrobatからプリントする)、
またEPS配置も控えるべき、なんて思ったりするのは私だけでしょうか。

InDesignに限らず、EPSを作成できるアプリのほとんどはPostScript書き出し(PSプリンタへのプリント)とEPS書き出しプログラムのコアエンジンは一緒ですが、PDF化とPostScript化のエンジンは全く別物です(プリントと書き出しが一致する約束が全く無い)。
また、InDesignが直接PDFを作成する際、配置されたEPSをInDesignが正しく解析できるとは限らない (プリントできるEPSもPDF書き出しできないことがある)ので、
やはり自分のところでPostScriptプリントしたのと同じ結果を入稿したいなら、PostScript(やEPS)からDistillerでPDFにして入稿が好ましい気がする今日このごろです。
(17:58　再訂正)

蛇足ですが。
>でもねー、イラレのネイティブファイル.ai配置だと出力できないことがけっこうありますね。

同僚がやっていた仕事で、EPSを貼り付けた際に、トラブルが発生したことがあります。
（出力すると、回り込みがきいていないといったものだったと思います。詳しくは覚えていないです）
その際、Adobeはネイティブファイル推奨だからAI形式を使用するようにアドバイスしたんですが。
しかし、AdobeがAI形式を推奨しているにもかかわらず、InDesignCSの配置コマンドのファイルの種類の中にはaiがなかったりするんですが。

あと、.ai配置に関わらず、OKIとCSとの相性は悪いと感じています。OKIのMICROLINE9500では時々CSのデータが出力できなくなりますが、FUJI XEROXのDC1256GAでは何の問題もなかったりします。

MM岩手さま
出力先からは何も言われませんのでepsでの納品していますが
インデザインファイルをパッケージ納品です。
これからは.aiで埋め込みでしょうかしら

> これからは.aiで埋め込みでしょうかしら

AI形式でいいと思いますが、埋め込む必要はないと思いますよ。

>InDesignCSの配置コマンドのファイルの種類の中にはaiがなかったりする
aiだけど中身はpdfだからじゃないのかな？
と思ったのですが、Win版で試してみると
ファイルの種類をEPSにすると.aiファイルが見えますね。？？ですね。
EPSに分類されるの？どちらかというとPDFじゃないのかな？

>InDesignに限らず、EPSを作成できるアプリのほとんどはPostScript書き出し(PSプリンタへのプリント)とEPS書き出しプログラムのコアエンジンは一緒ですが、PDF化とPostScript化のエンジンは全く別物です(プリントと書き出しが一致する約束が全く無い)。
MM岩手さん、茶々を入れるわけではないですが
PostScript書き出しとEPS書き出しでごくたまに結果が違うときもあります。
PostScript書き出し→面付けソフトでダメでも
EPS書き出し→面付けソフトでOKとか
どうしてー？？ってことがあるんですよねー
面付けソフトの影響もあるのか？

>EPSに分類されるの？どちらかというとPDFじゃないのかな？
　InDesignが、aiデータの何を使うかによって変わりますね。８以前と９以降のプライベートデータならEPSと非常に近いデータです。ＰＤＦ部分を見ているならＰＤＦです（当然か^^;）。

＞PostScript書き出し→面付けソフトでダメでも
＞EPS書き出し→面付けソフトでOKとか
　この辺は、面付けソフトがPSとEPSで違う動きをすると理解した方がよいと思いますが。