>訂正したはずのリンクファイルが元のリンクファイルのまま出力されている、という状態です。

リンクファイルは、どこにリンクしてるんでしょうか？
リンク情報で「どこに」リンクしているのか確認が必要です。

更新されているかどうかの判定でアラートが出ないとか
出るとか（出ていればPDF書き出し時に警告されるはずです）
プリフライトはInDesignのプリフライトですか？

ありがとうございます。

リンクファイルは同一階層内に作成した編集に使用するイラレデータをまとめて格納しています。

リンク名も確認しました。（作業ファイルはすべてDROPBOXに格納してあります）

プリフライトはIndesignのプリフライトです。

確認ですが、
訂正前のリンクファイルと
訂正後のリンクファイルが
混在していないと解釈していいのですか？
その上で、訂正前のリンクファイルで出力されたということでしょうか？

訂正したはずのリンクファイルは
本当に訂正されているのでしょうか？

ちょっとテストしてみましたが、こういう可能性はないですか。

1.Illustratorにリンク画像Ph01を貼り込み保存。
　（問題のファイルがPDF互換にチェックを入れたAI形式なのか、EPSなのかは
　　分かりませんが話を進めます）

2.AI（EPS）をInDesignに配置します。
　当然リンクはPh01です。

3.別の画像Ph02をPh01に上書きします。
　AI（EPS）を開きリンクを更新すると、内容はPh02のものに替わります。
　この時Illustrator上では、ファイルに変更があるとはみなされていません。
　そのままファイルを閉じます

4.InDesignで確認するとPh01の内容が表示されています。
　PDFに書き出してもリンクの内容はPh01のままです。
　AI（EPS）に更新はないため、リンクパレットでの警告はありません。

こうなる原因はこちらの過去ログ（イラストレーターの配置）
http://www2.rocketbbs.com/11/bbs.cgi?id=thats&page=6
や、
http://www.dtptemple.org/imgbbs/index.php?mode=thread&id=15819&page=1
などをご覧ください。

InDesignはAI（EPS）の実画像を含んだ部分を利用します。それによって、
Illustratorでリンクを埋め込まずにいけるのですが、今回の例だと
その部分はリンク変更後更新されていません。従ってリンク内容はPh01の
ままとなる訳です。
これを避けるためには、リンク更新後「別名保存」してAI（EPS）を
上書きしてやる必要があります。


ここまで長々書きましたが、全く見当違いかもしれません。
その際にはご容赦を。