マスク画像の配置とテキストの挿入について

InDesign CS6を使用しています。
作業していて分からない箇所があり、調べてみましたが
それでもよく分からなかったので、教えていただけないでしょうか。

●eps 画像の配置について
読み込みオプションで、Photoshopクリッピングパスを適用に
チェックを入れても入れなくてもマスクされて配置できるようですが、
入れてなかったら、「境界線ボックスのサイズが変更されることがある」と
Adobeのヘルプに書いてあるのですが、境界線ボックスとは何でしょうか？
チェックを入れた場合と入れない場合で比べてみましたが
違いがよく分かりませんでした。
マスク画像の場合、チェックを入れておいたほうが良いのでしょうか？

▼ アドビのヘルプ
http://help.adobe.com/ja_JP/indesign/cs/using/WSa285fff53dea4f8617383751001ea8cb3f-6bc5a.html


● テキストの挿入について
ファイル → 配置で挿入する時、文字コードは、Shift_JISが推奨されるようですが
Macユーザーからテキストを貰うと、ときどきUnicodeの場合があります。
読み込みオプションでUnicodeを設定して、挿入すると問題ありますか？
何らかのソフトで、Shift_JISに変換して挿入した方が良いですか？

また、Macユーザー（Unicode）とWinユーザー（Shift_JIS）からテキストを貰って、
1つのInDesignファイルに流しこんでいきますが、
UnicodeとShift_JISがまざって挿入するのは良くないのでしょうか？


アドバイスいただければありがたいです。
よろしくお願いします。