こちらのリンク先、Liさんの運営する「いんでざいんnoすくりぷと」
http://www2s.biglobe.ne.jp/~jxli/script/index.html
に、「ルビ入力支援」というスクリプトがあります。

ありがとうございます。
参考にさせて頂きます。

漢字を置き換えてもルビは残るようにIndesignCSで設定できないのでしょうか？

> 漢字を置き換えてもルビは残るようにIndesignCSで設定できないのでしょうか？

Win版CSで、それを実現するスクリプトが「ルビ入力支援」です。
同スクリプトは、ルビを振るだけでなく、親文字だけを差し替える機能も実装しています。

#残念ながら標準機能の検索／置換ではルビ文字が消えてしまうことは避けられません。（16:25追記）

なるほど。
丁寧に質問に答えて頂きまして誠にありがとうございました。

たびたびすいません。
「ルビ入力支援」を使ってみました。
一つ一つのルビ（漢字）を編集するのには適しているのですが、例えば100箇所の同じ漢字（例：「文応（ぶん/おう）」）を（例：「文應（ぶん/おう）」に）変換してルビは残したい、という場合はあまり使えないですよね？

上記の作業を実現するために良い方法はないですか？

追記
実現させたい作業は　「100箇所の同じ漢字「文応」を「文應」に一括変換して、ルビは残す。」です。

私はMacなので、「ルビ入力支援」は使用したことがありせんが、
一度、タグ付きテキストに書き出した後、テキストエディタ上で置換して
再度、InDesignに取り込んではいかがでしょうか。

たしかに。これしか方法はなさそうですね。
ありがとうございました。

LCSさんのRuby Managerで、ルビ解除すると、ルビが付いている箇所が#親文字#ルビ文字#という形式に変換されます。修正後、ルビ変換すると、#親文字#ルビ文字#という形式の箇所がルビ付き文字に変換されます。ルビ文字の修正に使うようですが、親文字の修正にも使えると思います。

Winということなので、VBSで。それも、きわめて簡単に。
足りないところは、自分で補って。

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'ReplaceSetRuby.vbs
Set myInDesign = CreateObject("InDesign.Application.3.0J")
Set myDocument = myInDesign.ActiveDocument

myFindString = "文応"
myChangeString = "文應"
myRubyString = "ぶんおう"
'myRubyType = idGroupRuby 'グループルビ（必要ならコメントを外す）

myInDesign.FindPreferences = idNothingEnum.idNothing
myInDesign.ChangePreferences = idNothingEnum.idNothing

Set myFindString = myDocument.Search(myFindString, False, False, False, False)
For i = 1 To myFindString.Count
myFindString.Item(i).Contents = myChangeString
If myFindString.Item(i).RubyString <> myRubyString Or myFindString.Item(i).RubyString = "" Then
myFindString.Item(i).RubyFlag = True
myFindString.Item(i).RubyString = myRubyString
'myFindString.Item(i).RubyType = myRubyType '必要ならコメントを外す
End If
Next
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norさん、WinCSさん、感謝、感謝です。
アドバイスを生かしてやってみます。