すみません。徹夜明けで文面がぼろぼろでした。
↓訂正します。よろしくお願い致します。

＞もちろん透明を確認しましたが、「標準」「不透明度100％」です。

画像ファイルは何？　eps、psd　もう少し詳しく書いて下さい。

InDesignのページパレットで該当の画像ファイルを配置したページは市松模様になってますか？
透明の画像を配置したり、InDesign上で透明効果を設定するとページパレットで市松模様になります。
市松模様になれば、どこかに透明（効果）があるということです。

今、わかったのですが、InDesignってTiffのクリッピングパス読み込めるんですね。知らなかった～
でも、大丈夫なんでしょうか？

(`o´)ノシ さま
配置したのは、「グレースケールの.psd」画像です。
配置したInDesignのページはページパレット市松模様です。

再度チェックしましたが、画像ボックスも背景も「標準」「不透明度100％」でした。
グレースケール→CMYKにすると大丈夫なのが不思議です。。。でもグレースケールでなんとかしないといけないのですが、、、

なにか他にチェックすべきところありますでしょうか。

>配置したInDesignのページはページパレット市松模様です。
ということは、透明（効果）の要素があるということです。
画像が透けるということは、
・画像が透明である
・InDesign上で画像に透明度の設定がされている
であると思います。

>画像ボックスも背景も「標準」「不透明度100％」でした
これは、画像に背景があり、レイヤーに透明がなく、InDesign上で画像に透明度の設定がされてないということですか？

問題の画像をInDesign新規ファイルに配置しても同じですか？
InDesignの環境設定（初期設定）は捨てましたか？

一度、CSで線画（２値）画像psdのつもりがグレースケールになっていてそのまま配置したらInDesignが透明画像と認識したことがありましたが、下のオブジェクトが透けることはなかったですが・・・

一度試してみると面白いですよ。
PhoshopCSで線画２値画像のものをグレースケールにして保存。これをInDesignCSに配置すると、なにやら警告が「Photoshopで互換性が・・・・」無視して配置すると
ページパレットのページが市松模様に。あ～ら不思議！

(`o´)ノシ さん
ばったばたしていて、書き込み遅くなりすみません。
まず、背景というのは配置したグレースケール写真のバックにも写真画像（地紋／別レイヤー）が配置してあるという意味です。

新規ファイルに配置し直してもみましたが、同じでした。。。

★はずかしながらお聞きしますが、InDesignの環境設定（初期設定）ってどこにあるんですか？
捨てると色々設定がデフォルトに戻ってしまうんですよね。。。

★とりあえずの回避方法として、配置したグレースケール画像ボックスをコピー。の後に写真だけデリート。残ったボックスにアミ指定。元の位置にペースト。このボックスは色アミ指定なし。
にしたら、写真にアミが透けることなく、求めていた状態にはできました。
写真を読み込んだ画像ボックスに色つけると駄目という状態です。なんとか解決したいです。。。

配置する「グレースケールの.psd」を、一度Photoshop上で「画像を統合」してからInDesignに配置するとどうなりますか？

ためしにグレースケールの画像をEPSにして配置してみました。
まったく問題なく切り抜き写真を読み込んだ画像ボックスに色をつけても写真には影響なしでした。

思うに、どうも2階調のTiff画像を配置したときと同じ状態のような気がします。ロゴなどを線画で配置してインデザ上で色付けたりすることあるんですが、
グレースケール画像が、InDesignにTiff画像と同じ認識されているんだと思います。

だとしたらどうしようもないんでしょうか？

>まるさん

遅くに書き込みありがとうございます。
「グレースケールの.psd」を、一度Photoshop上で「画像を統合」してからInDesignに配置しても
駄目でした。。。　

ところでこの状況になるのは私だけ？ですか？
同じ症状になる方いないのかな…

でるさん、ここまできて何をされたいの解らなくなってきました。

InDesignに配置されている画像（フレーム）の塗りに色をつけてるのですか？
なぜそのようなことをされたいのか？

配置画像のフレームに色入れて画像が透けて見えるからだめって、（と理解しますが）
じゃ画像配置した意味ないじゃん

もしかして
ただ、網の上に切り抜き写真を配置したいだけですか？
色をつけたフレームと配置画像のフレームは別にしてください。
まずフレームを作って色を入れる。その色入れたフレームに切り抜き画像配置してるのではないですか？　だからフレームにつけた色が写真に乗算のようになるのです。

また、配置画像はPhotoshopで本当にすべてのレイヤーを統合しましたか？　統合できていればレイヤーパレットに背景と表示されているはずです。
この状態の画像をInDesignに配置してもページパレットが市松模様にはなりません。

グレースケールのTIFFを入れたフレームに背景色を設定したとき、白部分が背景色になるのは仕様だと思います。
（ちなみに、ダイレクト選択ツールで画像を選んで色を付ければ、全面色（黒）が指定の色になります）

これは、そういうものだと理解した方が良いと思いますよ。

：(`o´)ノシさま
いろいろありがとうございました。
結果的に「そういうものだと理解」しました。
勉強不足＆認識不足でしたね。。。。

ひとまず退散いたします(>_<)ゞ

PostScript的に1bit(0か1の２値)画像の着色は簡単にできますね。
#いまさらLevel1ではできないとかナシでお願いします^^;

ところがInDesignだとTIFFやPSDのモノトーン(いわゆるグレースケール)画像にも着色できます
(そのように見せることができます)
という風に考えれば不思議では無いですね。
#とっても便利^^

実際、出力時にはグレースケールをソースにして、InDesignによって合成されたCMYK画像が出力されます。

透明の分割処理と同じようなもんですね、たぶん。