テストしてみました。
環境は、Windows7のInDesignCS6(8.0.2.413)です。

■テスト１
縦組ドキュメント、縦組フレームグリッドで段数10、両端揃え
○結果→１段目は正常。10段目に近づくにつれ地側にズレが大きくなっていく

■テスト２
横組ドキュメント、縦組フレームグリッドで段数１（10個並べて連結）、両端揃え
○結果→１段目は正常。10段目に近づくにつれ地側にズレが大きくなっていく

■テスト３
縦組ドキュメント、縦組テキストフレームで段数１（10個並べて連結）、両端揃え
○結果→１段目は正常。10段目に近づくにつれ地側にズレが大きくなっていく

この結果、「両端揃え」ではズレが出てくる。

■文字種を変更してテスト１
人名ではなく、/./■/を行い、■と全角スペースに変更。
○結果→テスト１～３のようなズレは起こらなくなった。

■文字種を変更してテスト２
人名ではなく、/.$/■/を行い、■と全角スペースに変更。
○結果→テスト１～３のような地側へのズレではなく、天側にズレが起きた。

PDF書き出しは、X4でもX1aでもズレが発生することを確認しました。

>InDesign CS6で縦書き10段組の芳名録を作り、PDF書き出しすると、１段ごとに下方向にズレていき、行の途中からまた元の位置に戻るという現象が起きています。
なお、当方のテストでは、行の途中？から元の位置に戻るという症状を確認できませんでした。

確実にバグのような気配がします。
追試できる方、ご協力宜しくお願いします。

>■文字種を変更してテスト２
に訂正。

人名ではなく、/.$/■/を行い、人名の行末の文字を■に置換。人名、全角スペース、行末を■の状態とした。

MacOSX 10.6.8・InDesign CS6（8.0.2）です。

フレームグリッドでテストしてみました。
キャプチャ内の左側はInDesign上での表示（10段目）、
右側は同じ部分のAdobe Acrobatの表示です。
下の段ほど文字が上方向にずれているようです。

行の途中？から元の位置に戻るという症状は
私も確認できませんでした。

（テスト内容は合ってますでしょうか。間違っていたらすみません。）

すみません。
もっと大きいキャプチャをアップできるんですね。

私なりに検証してツイートしていたところ、流星さんから「フレームに塗りを入れてみて」とのコメント。
なんと、フレームに塗りが入っているとズレません。フレームを紙色で塗っておけば、とりあえずの対処はできると思います（フレームの下面に何もなければいいのですが）。
文字のズレとフレームの色がなぜ関係しているのかは不明です。

【追記】
10段1フレームだと解消できないようです。
10フレームを連結してください。