はじめまして。私も仕事でInDesignを使うべく練習中のものです。
こちらのサイトでは、トラブルとその解決法がわかりやすく載っているで、DTP自体の経験が浅い私にはとても助かっています。

さて、こちらでも紹介されている「プレーンテキストを配置orペーストしたときに、5000バイト目に2バイト文字がくると文字化けする」という現象を再現したいと試したのですが、できませんでした。

私の理解が足りないため、テストの方法が違っているのかもしれませんが、具体的にどのようにしたときに化けてしまうかを把握していないと、今後の作業に不安が残りますので、もしおわかりになる方がいらしたら、ご教示ください。

一刻を争うものではありませんので、それほどは急ぎません。
以下に、テスト方法を載せました。

Simple TextとJEditで、ひたすら「あいうえおかきくけこ……」を繰り返して、途中で半角英字をひとつ入れ、5000バイト目と5001バイト目が2バイトの一文字になるようにしたファイルを作り、InDesign上で「ペースト」「配置」を実行した。
その前には、途中の半角英字を入れずに、4999と5000バイト目が一文字になるようにもしてみた。
いずれも、文字化けは起こらなかった。

※JEditファイルの文字コードは、Shift-JISである（Unicodeではない）ことを確認しています。

以上です。
どうぞよろしくお願いいたします。