Carinoさんが、例として挙げておられる文字は、
Unicodeで8E16です。
この漢字を実装しているフォントは、Windows98以降に標準で付属するものの中では、
MS（P）明朝とMS（P、UI）ゴシックだけではないでしょうか。
というより、全パソコンを含めても、Unicode（JIS X0208およびJIS X0212）漢字をきちんと実装
しているのは、この2フォントだけだったかもしれないです。
（MacOSXのヒラギノは見た事ないのでわかりませんが）
従って、InDesign上でも、同じフォントを指定すれば、
きちんと入力・表示される筈です。
MS-IMEで単漢字辞書をオンにして、『せき』と入力すれば、
この文字に関しては出ると思いますが。
Unicode上の漢字はほとんど、単漢字辞書を使わないと変換できない
ように思います。

わかりにくかったら、ごめんなさい。

すいません。追記です。
MacOSXのヒラギノProにはこの漢字はあります。
あと、小塚のProにはないですね。
フォントによって、実装されている字種が違う、ということですね。

Wordで出る（入力できる）のであれば、Wordで入力しちゃって、
保存したファイルをInDesign側で「配置」っていう手もあります。
私はunicode系の文字はそれが一番楽なんじゃないかと思います。

Windesignさん、いちのせさんありがとうございます。

MS明朝で指定してみましたが、変換候補には出てきて選んでも
InDesign上では「？」が表示されます。
何か設定しなきゃいけない事があるのでしょうか？

いちのせさんの「配置」ではうまくできました。

InDesignの文字パレットからなら、フォントにあるグリフはすべて入力できますよ。

私は日本語英語以外の言語文字を使うことがあるので、いろいろ実験してみましたが、InDesign２は、Unicodeの直接入力には対応していません。Windows2000/XPに付属するモンゴル語やカザフ語のキリル文字やヒンディー語のデーバナーガリー文字などのような、Unicode直接入力キーボードによる入力はもちろん、漢字でもJIS以外のものをUnicode入力しようとすると、キーボードからのコード入力でもIMEのコード表からの貼り付けでもすべて？になってしまいます。

tnhryk さん、便乗で質問させてください。
Windows2000/XP付属の『メモ帳』や、『ワードパッド』のような、
Unicodeテキスト保存ができるエディタによる、テキスト流し込み
では上記のようなことは可能なんですか?
私も補助漢字を使うような仕事があるので、Windows版をリサーチ中
ですが、てもとにないので...。

今確認で試してみました。
メモ帳でユニコードtext保存(UTF-8でもUnicode=UTF-16でも)
したものは、文字種に関係なく、配置は？になりました。クリップボード経由で貼り付けも？やら四角形になります。

WordまたはWordPadでユニコード直接入力して、docかrtf形式で保存したものなら、配置はOKです。
文字種によっては文字化けすることがありますが、これはフォントを変更すれば修正できる類のものです。JIS外漢字もキリル文字もグルジア文字もOKでした。
またWordまたはWordPadからなら、クリップボード経由で貼り付けもOKです。Excelからはだめでした。

tnhrykさん、本当にありがとうございます。
こんな夜中に、、、。

という事は、Word/WordPadと併用するのが、現時点ではベストのようですね。
しかし、IMEからUnidode漢字が直接打ち込めないとは。シフトJISとの互換性を
重視した結果でしょうか。