まぁ、自動組版したことないところに発注とか
デスマ予感しますけど、とりま書いておきますね。

１）ソフト
クラから指定が無いのでしょうかね？
であれば、ご自身が使いやすいソフトをお使いいただければ。

２）入稿形式
値段に関わりますからクラと打ち合わせで決めるべき事柄です。
画像のファイル名ルールとかテキストファイルに何がどのように記述されるのか。内容の順番とかマークアップされる情報とか諸々



まぁ、ソフトに関してはプラグインっていう方法もありますよね。
ググればバンバン出てきます。
当方は、InDesign+Scriptで自動組版やったことありますが、
自動組版でプラグインを使ったことはないので、
良い/悪いについては控えます。

自動組版、なかなか使っている方をみかけませんね。

うちは、DBPublisher/i クリエイティブ版（Indesingプラグイン）を使用しています。
現在はOS10.6、CS5で使用していましたが、
近々OS10.9、CCへ移行予定です。

勉強できるサイトはなかったため、
購入後、自力でマニュアルみながら１ヶ月ほどかけて独学、構築しました。
飲み込みの早い方なら、もう少し早いのでしょうが…。

仕事内容は似たような感じで、
商品カタログ1ページにつき２０個程度のイラレ、フォトショップ画像と文章で
規則的な固定レイアウトを作成しており、
カタログに非常に向いているプラグインです。


組むページ数や作業人数により、完全自動化にするか、お安いクリエイティブ版にするか
決めた方が良いと思います。

テキストはFilemakerやExcelから読み込めますので、
正規表現や細かな設定、改訂してきたことを考えると、一番安いクリエイティブ版で
試してからでもよいかと思います。

入稿時には、プラグイン情報を削除してから渡せば、
普通のIndesingファイルになりますので大丈夫です。

ほかのソフトは試した事がありませんが、
慣れれば、こちらのプラグインは悪くないと思います。