タグ付きテキストに書き出した後、作字したグリフレットに置換して
再度、そのタグ付きテキストを読み込んではいかがでしょうか。

ユニコードを持つSING外字への置換であれば、検索置換で変換できますが、その際に書体に注意する必要があります。元の文字と同一の書体のSING外字が用意されている必要があります。書体が異なる場合は置換文字に書体を設定する必要があります。

ユニコードを持たないか異体字のSING外字への置換であれば、グリフIDベースでの置換が必要です。YUJIさんの言うタグを使うか、LCSさんのTools+で変換できます。

今までは検索でフォントグラファーで作成した1バイトフォントに置き換えて使ってたのですが、
そういう使い方は無理なようですね…
別BOXの多い書籍なんかはチョット面倒かも…

アドバイスの通り、タグ付きテキストを検討してみます。

YUJI様、nor様、ありがとうございました。