補足です。

変ったことと言えば、インデザインと同じ特色を使用したダブルトーンのフォトショップ画像を配置しています。

特色を含むデータを配置している場合、その特色スウォッチは削除できません。ダブルトーンの特色をプロセスに変更してから削除してみてください。

kin様

ご返信大変遅くなりました。
どうしても問題が解消しないのですが、ヒントをありがとうございました。

ダブルトーン画像（特色データ）を配置しているとスウォッチの削除が出来ません。
配置ではなく、埋め込み設定にしてみてはどうでしょうか？
もしくはダブルトーン画像データの特色をM版+C版に変更して配置の方が手っ取り早いかとおもいます。

jun様
ありがとうございます。
（当方、CS3からCS6に移行しました。）

＞ダブルトーン画像（特色データ）を配置しているとスウォッチの削除が出来ません。

確かにダブルトーンの画像をインデザイン上から削除すると、スウォッチの変更ができますね。

＞配置ではなく、埋め込み設定にしてみてはどうでしょうか？

この方法では、特色スウォッチは変更できませんでした。

＞もしくはダブルトーン画像データの特色をM版+C版に変更して配置

それだと、特色スウォッチがいじれるようになりますが、画像がダブルトーンのまま作業できないので、不便ですね・・・。仕方がないのかもしれませんが・・・。

PDF入稿が可能であれば、特色のままで作業を続け、最後にPDF変換する際に、
インキ・エイリアスを利用してC版＋M版に置き換えることができると思いますが、
それは無理でしょうか。

マサ某様

PDF入稿は無理です。
写真を配置しているので、その写真を印刷所で調整する必要がある場合があるからです。