検索置換に一部スタイルを効かせたい

Mac OSX 10.4.4 で InDesign CS を使用しております。
今回、学術論文系の文章を作成するに当たり、上付下付の多い文章を組んでいます。
当然、本文スタイルとは別に下付や下付といった文字スタイルをつくって作業しておりますが、検索置換用のウインドウでは一部のみスタイルを効かした置換はできないようで困っています。
例えば、CO2をCO2(2のみ「下付」という文字スタイルを効かす)に検索置換できない物でしょうか。

一度で無理でも、二回に分ければ出来るんじゃないですか？

たとえば「CO2」を一端すべて下付の文字スタイルにして、「CO」を検索して下付で無い文字スタイル（立体）に置換するとか。
あとは「CO2」を何もスタイルが設定されていない文字スタイルに検索・置換して、その文字スタイルの数字だけを下付の文字スタイルに検索・置換するとか。
いろいろ方法はあると思いますよ。

> たとえば「CO2」を一端すべて下付の文字スタイルにして、「CO」を検索して下付で無い文字スタイル（立体）に置換するとか。
ron.さんのおっしゃる方法がまさにそれですね。
他にはテキストを書き出して必要箇所を検索・置換によってタグを与え、再び読み込むとかですね。

ron. さん、Reeさん、いきさんレスありがとうございます。
目から鱗でした。やってみます。