配置するファイル形式は何が良いですか？

CS6です。
１頁に４題配置、順序が最後にしか決定しない。先に著者校正をする。等の理由で
いったん組んだデータをもう一度InDesignに植版というか集版といいますか
配置するのですが、
配置するファイル形式は何がよいでしょうか？
EPS、PDF、それともinddネイティブファイルがいいのでしょうか？
昔人間ですのでEPSが安全なのではと思いがちなのですが。
PDFでしたらPDF X-4でよいのでしょうか？
よろしくお願い致します。