配置Illustratorファイルの表示

配置Illustratorファイルの表示についての質問です。
Mac OS X＋Indesign CS5で作業しています。

IllustratorCS5でPDFを含むで保存したAI形式のファイルを配置しています。

年１回だけ使うInDesign書類ですで、配置してあるIllustratorファイルはずっと同じ名前です。
（別のHDのフォルダーに同じ名前のIllustratorファイルがあります。）

リンクパネルからＡのファイルを編集して「赤い文字」を追加（同じ名前）を作成しましたしました。「Illustratorテンプレートレイヤー」だった所を「普通のレイヤー」に変更して赤文字を追加しています。

しかし、InDesignの側では、その赤い文字がでてきません。
（リンクパネルの黄色い三角形がでません）

試してみたこと。

１　Illustratorレイヤーの上下関係は同じ。

InDesign上で「赤文字が表示されない問題のファイル」をオプション＋クリックで編集状態にすると，Illustrator上ではちゃんと赤文字が表示されます。
もちろん赤文字のあるレイヤーはテンプレートになっておらず、ちゃんとIllustratorからプリントされます。

２　同じファイルを、同じInDesign書類に新規で配置

　いままで配置されていたIllustratorファイルには赤文字がなく、新規に配置した方だけちゃんと赤い文字が表示されます。
　確認のためリンクパネルで両方の配置ファイルのパスを調べた所、まったく同じものでした。


３　同じIllustratorファイルの「レイヤーの上下関係」を動かす。

　InDesignでは「レイヤーがちがうよ」と表示がでて、いままで配置していたファイルが更新され、ちゃんと赤い文字が表示される。
　
４　Illustratorの「元テンプレート・レイヤー」を普通のレイヤーにした上で「レイヤー名」を変更すると、「レイヤーがちがうよ」と表示がでて黄色い三角マークが表示され、手動で更新できます。

　こんなことってあるんでしょうか？