こんにちは。
的外れでしたらすみません、以下の設定を確認してみて頂けますか。

配置ダイアログ内の「読み込みオプション」にチェック、
もしくはチェックをオフのままでもShiftを押しながら「OK」ボタン
　で読み込みオプション画面が出ます。
その中の「レイヤー」タブの「リンクの更新オプション」
　の設定が影響しているような…していないような。

z-さん　さっそくレスありがとうございます。

　「読み込みオプション」は使ってませんでした。

「レイヤーリンク更新時オプション」
「レイヤーの可視性オーパーライド」なっています。

どういう事かまだ良く解りませんが　いろいろとやってみます。
取り敢えずは、最初に書いたような
レイヤーの名前を変更したりすることで対処します。

亀レスですが。

赤文字を入れた後、「別名で保存」で上書きしたらどうなるでしょうか。

ご指摘のやり方
「別名保存」で上書きをしたところ、ちゃんと赤字が表示されました。　

ありがとうございます。

AIファイルでリンクの更新のみが行われた場合、AIファイル自体には更新が
あったとみなされず、ファイルを閉じる際に保存を促すダイヤログが出てきません。

この状態だと、AI部分はリンクが更新されていますが、InDesignが利用している
PDF部分は更新前のままというのが、今回の現象です。

PDF部分を更新するために（「保存」はグレーアウトしているので）、「別名で保存」
してやるとPDF部分に更新後の状態が反映されるということになります。


＃これはかなりまずい仕様だと思っているのですが、反応があまりないということは
＃広く知られている事柄なのでしょうか。

rosanさん　ありがとうございます。

＞AIファイルでリンクの更新のみが行われた場合、AIファイル自体には更新が
＞あったとみなされず、ファイルを閉じる際に保存を促すダイヤログが出てきません。

この件については理解しています。

この場合は、意識的に「プレビュー　コマンド＋Ｙ」の二回押しなどで、「保存」が出来る状態
（メニューからグレーアウトしないようにする）事で対処しています。

　Illustrator書類の保存できる状態を確認するのには、

メニュー＞ファイル＞保存　がグレーアウトしていないかの他に

Illustratorの書類のウインドウに　*　マーク（アスタリスクのような★のようなマーク）が
表示されるので気をつけていると解ります。

ウインドウの枠上に　ファイル名.ai*@100%（CMYK／オーバープリント）　のように表示されます。


実は、今回のはまた違う現象なのです。

普通の文字を追加したので、ちゃんと保存は出来ているんです。
しかし、InDesignではその部分が表示されないのです。

　他のInDesign書類では問題が起こったことはないのです。
（今回の書類は、もともとはクォークで作成していたのを、変換せずに新規にInDesignＣＳ５で作成したものだと記憶しています。）

　InDesign書類を別名保存もしてみましたが
状況には代わりはありませんでした。

やはり作りなおしが早いのかもしれません。

あと　問題があるとすれば、

その赤文字を追加したレイヤーは
テンプレートにしたり、普通のレイヤーにしたり変更することが多い
レイヤーであるということぐらいでしょうか。

かなり前の記事ですが、参考になれば…。
http://www2.rocketbbs.com/11/bbs.cgi?id=thats&mode=pickup&no=6444
（No.6447の『配置時の設定は、前回配置した時の設定を引き継ぐので…』は改めて試してみるととうまくいかないので違っていたかも…）


「PDFレイヤーの可視性を使用」と「レイヤーの可視性オーバーライドを維持」は意味がわからないですね。

・「PDFレイヤーの可視性を使用」→リンクを更新した時に、リンク先のレイヤー表示状態に合わせる。
（InDesign上で［オブジェクトレイヤーオプション］でレイヤーの表示／非表示を変更していた場合、その変更は破棄される）
→リンク先のファイルでレイヤーの表示／非表示をコントロールしたい場合に使用

・「レイヤーの可視性オーバーライドを維持」→リンクを更新した時に、更新前のInDesign上でのレイヤー表示状態を“なるべく”維持する。
（InDesign上で［オブジェクトレイヤーオプション］でレイヤーの表示／非表示を変更していた場合、更新前の状態を維持しようとする。※レイヤーの数や名前、順序が変更された場合は、リンク先のファイルの表示状態に合わせる）
→リンク先のレイヤーの表示／非表示をInDesign上でコントロールしたい場合に使用（InDesignはこちらがデフォルト＆いつの間にか設定がこちらに変わっている（不）親切仕様）

試してみると、
・非表示の通常レイヤーおよびテンプレートレイヤーは、InDesignに配置した時、［オブジェクトレイヤーオプション］で“非表示”の状態で取り込まれます。その後、aiファイル上でレイヤーの表示を変更しても、「レイヤーの可視性オーバーライドを維持」になっていると、非表示のままになります。「PDFレイヤーの可視性を使用」では更新すると表示されます。
・表示されている通常レイヤーは、InDesignに配置した時、［オブジェクトレイヤーオプション］で“表示”状態で取り込まれるので、後でテンプレートレイヤー／通常レイヤーを変更した時、「レイヤーの可視性オーバーライドを維持」になっていてもその変更が反映されます。

ややこしいですが、最初に配置した時に、“レイヤーが表示されていたか”、“テンプレートレイヤーだったかどうか”、“更新オプションがどちらになっているか”、によって更新後のレイヤー表示の挙動が変わってきてしまうということです。

オメガさん　解説ありがとうございました。
じっくりと読んでみます。

やはり最初に作った時に読み込みオプションを使っていなかったのが
いけなかったのかな　まだ理解不足です。