PDF 1.3 であれば、該当部分が一見白く抜け
て見えますけれども、実際には、Acrobat 7
のオーバープリントプレビューや Acrobat
7 professional の出力プレビューで見ると、
ちゃんとなっているはずです。

あとは、出力側がちゃんとオーバープリント
イキで出力するかどうかにかかっています。

ありがとうございます。
InDesignの問題ではなかったのですね。
オーバープリントプレビューで抜けて見えました。

＞オーバープリントプレビューで抜けて見えました。

ということはまだ解決していないと思うので
すが、今一度確認したいことは、「どのPDF」
を、「どの PDF 表示ソフト」を使い、「ど
ういうオーバープリントプレビューの仕方」
で見たかっていうことです。

当方では、InDesign CS でドロップシャドウ
を使用したドキュメントで、PDF/X-1a のプ
リセットで書きだした状態の PDF を、
Acrobat 7 Professional のオーバープリン
トプレビュー、さらに出力プレビューにて、
ドロップシャドウ部のバックが白く抜けてし
まわない（InDesign ドキュメントと同じ状
態）ことを確認しています。

「プリント」プリセットでAcrobat 7 Professional で開いていたのですが、CLさん同様プリセットを「PDF/X-1a 」にしたところ、オーバープリントプレビューをしなくても白く抜けないようになりました。
本当にありがとうございました。

スポットカラー（特色）を使用している、または使用していたのではないでしょうか？

InDesignはドロップシャドーを分割するときに、スポットカラー（特色）と重なる部分には「オーバープリント属性を持ったCMYKチャンネルのラスター画像」を生成します。
# 通常のCMYK版だけ使用する用途では、CMYKチャンネルのラスター画像がオーバープリント属性を持っていてもいなくても結果は同じです。

分割によって生成されたデータは、含まれるオーバープリント指定が実行されることをあてにしているので、Acrobat（等）でも、オーバープリントプレビューをしなければ、背景のスポット（特色）カラーと合成表示されないため白く抜けて表示されます。これは仕様です。
# 簡単に言えば、InDesignでスポットカラー（特色）の上にドロップシャドーを置きたい場合には、データ中のオーバープリントを破棄すると正しい出力はできないことになります。

> プリセットを「PDF/X-1a 」にしたところ、オーバープリントプレビューをしなくても白く抜けないようになりました。

PDF/X-1aプリセットを選択しただけでは、スポットカラー（特色）はCMYKに変換されませんので、私の予想は矛盾していますが、PDF書き出しにPDF/X-1aプリセットを選択したときに、インキ管理で「すべての特色をプロセスカラーへ」を選択するだけで、多くの場合（絶対ではない）スポットカラー（特色）をCMYK変換できてしまいます。意図してスポットカラー（特色）を指定したはずが、CMYKに変換されてしまったりしていませんか？

もしくは、もともとスポットカラー（特色）を使う意図がないのに、誤ってスポットカラー（特色）が使われていたのであれば、結果はOKでも、できれば「すべての特色をプロセスカラーへ」などの手抜きは使わず、もとのデータに戻ってしっかり修正すべきだと思うのですが、、古い考え方でしょうか？