「？」「！」は区切り約物のハズですが…、
「×」は書体に依りますね…例えばヒラギノなら等幅全角字形にしないと欧文扱いになります。
なお、環境設定の「CIDベースの文字組みを使用」はどうなっていますか？
デフォルトでは「ON」ですが、変えてあると挙動も変わります。
基本的には「ON」がコントロールしやすいでしょう。

Works014 様
「？」「！」は区切り約物でしたね。すみません。

「×」の書体はヒラギノを使用しています。
「CIDベースの文字組みを使用」は「ON」になっています。
この「CIDベースの文字組みを使用」がどう関係するのかよく解っておりませんが…。
「文字組みアキ量」のどこかではなく、「CIDベースの文字組みを使用」が重要でしょうか。

「CIDベースの文字組みを使用」は「ON」なら問題ありません…
「×」は等幅全角字形を適用（正規表現スタイルでね）で直りませんか？（和欧文間隔がなくなるハズ）
あとはアキ量設定の問題ですね。
で、前の文字クラス「？」「！」（区切り約物）の際に後が両仮名やその他の和字の際の最適値が「0％＝ベタ」になっていれば問題無いハズですが…
カスタマイズした「文字組みアキ量設定」なら何らかの段階で失敗しているのだと考えられます。

追伸：念のための確認ですが…
「文字前・後のアキ量」は「自動」となっていますよね…この部分は「アキ量設定」を一時的に否定・置き換える機能だと理解してください。「ベタ」などとしていてはダメですよ。
（あくまでも念のため…）

Works014 様
再度ご親切にありがとうございます。
「？」「！」はアキ量設定では、区切り約物を0％にするというのは分かりました。

問題は「×」なのですが、恥ずかしながら、正規表現スタイルというのを知りませんでした。かなり便利なものというは分かりましたが、私が理解して使用するには時間がかかってしまいそうなので、せっかく教えていただいたのですが、後日活用させていただき、今回は個別手動で安全にいきたいと思います。すみません。
また、今回ほぼ組み終わっており、全てにそれが適用され、意図しない箇所に影響が出て気づかないというもあり得る場合に大変な事になるというのもありまして。

しかし、正規表現スタイルの事が分かって良かったです。今まで手動で部分的なQ下げとかゴシックとかをしていたので…。
ありがとうございました。今後、別のファイルで活用させていただきます。

解決しそうで何よりです。
以下、蛇足ですが…
正規表現スタイルを使わないのであれば、「全角等幅字形」の文字スタイルを作成～検索文字に「×」を入力～置換文字は空欄のママで置換形式にその文字スタイルを設定すればいいですね。
※コレを自動で行うのが「正規表現文字スタイル」です。

返信遅くなりました。

おそらく「×」が「全角等幅字形」の状態で両脇にアキが生じています。
ですので、文字組みアキ量のどこかを調整するということになるのではないかと思いますが…。
しかし、どのカテゴリーか分からず、今回は「×」と隣合っている文字を、カーニングで個別対応してみます。
ずいぶん効率が悪いのだと思いますが…。

その前後の文字種をお伝えいただかないと…
欧文・英数字なら「和欧文間隔」が発生するのは当然のことです。
文字組みアキ量設定は前後の文字の組み合わせによってアキ量を設定するのです。