テキストフレームですね。
行送りが自動になっていませんか？
添付画像のようにパーレンで囲まれていると自動に設定されており、デフォルトでは文字サイズの175%になりますので、文字サイズが変われば当然変わってきますので、固定値を設定する必要があります。。
因みにこの「175%」という値は段落メニューの「ジャスティフィケーション」の「自動行送り」で変更可能です。
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もし一定の数値を入れてあるなら、「文字揃え」と「行送りの基準位置」を同様に設定してみてください。
例えば、文字揃えが「仮想ボディの中央」なら行送りの基準位置も「仮想ボディの中央」…
こうすることで、小さい方の文字も狂いなく送られます。

works014さま
回答ありがとうございます。

行送りは自動ではなく、数値を入れておりました。

「文字揃え」と「行送りの基準位置」を「仮想ボディの中央」に揃えたところ、問題が解決しました！
理屈がまだ分かっていないが残念なところですが、取り急ぎこれで対処します。

すみません。追伸で疑問を書かせていただきますが…。

行間を変更したい場合に、上の行に数値を設定したいと思い「行送りの基準位置」を「仮想ボディの上」にしていたのですが、
「仮想ボディの中央」にすると、下をいじらないといけなくなってしまうのですね…。
これは、どうにかならないのでしょうか。

＞「仮想ボディの中央」にすると、下をいじらないといけなくなってしまうのですね…。
はい…「仮想ボディの中央」だけではなく、「仮想ボディの上」以外は全てそうなります…
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先の理屈としては…異級数混植の場合、「行送りの基準位置」に揃うのは行中の最大文字サイズのモノですので、「文字揃え」を合わせておくとコントロールし易いのです…
拙ブログで恐縮ですが、下記リンクをご参照ください…
→ http://d.hatena.ne.jp/works014/20090618

蛇足になるかも知れませんが…
段落の間を開けたいのであれば、段落前（後）のアキを使う方がスマートかも知れません…

お礼が遅くなりました。

リンクまではっていただき、ありがとうございます。
まだ理屈がちゃんと分かっていないのですが、時間が取れる時に、よく理解しようと思います。

今まで、文字揃えは「中央」で、上の行の数値を変えることで行の送りを決めていて、それに慣れているので、
今までのやり方からすると、「段落後」のアキをいじった方がやりやすいのかもしれません。