InDesignからPDFでまとめて書き出して、PDFを分割すればよいのでは？
PDFをAcrobatで開いて「ツール」→「文書を分割」→「ページ数」に30を入れてOKすると30ページごとに分割されます。

調べてみたところ、InDesignファイルを1データ1ファイルで結合する方法がありました。
データ結合の「結合ドキュメントを作成」のオプションタブで、「ドキュメントあたりの最大レコード数」を1にしてチェックを入れればOKです。

ただし、あぶさんの場合、これを実行すると元Inddデータのファイル名に連番がついただけのInddファイルが1,000個開きっぱなしで出来上がりますので、データ結合後に手作業で名前をつけて保存していかなければならなくなります。

Subi 様

回答ありがとうございます。
返信が遅くなってしまい申し訳ありません。

1000個のinddを開いた状態にするにはかなりのマシンスペックが必要になりそうですが2つ目の方法を試してみようと思います。

まずはデータ数を減らしてテストしてみるといいですね。

macneko.blog77.fc2.com/blog-entry-150.html
こうちゃん黒猫まみれさんが公開している「開いているドキュメントを保存して閉じるスクリプト」です。
これで保存したあとで、Shupapanの「テキストデータからリネーム」で内容に合ったファイル名を付け直したらどうでしょうか。