IndesignからPDFで文字化け

いつも参考にさせてもらっています。
IndesignCS2でPDF書き出しから、PDF/X-1a:2001を選び
PDFを作成しましたが、OTF新ゴで入力した文字だけが
????のような長方形の中にバツXがあるような文字として表示されてしまいます。PDF文書のプロパティ＞フォントは
埋込みサブセットとしっかり表記されているのですが。
おねがいします。
OS10.3.9 IndesignCS2 AcrobatPro7.0.7

PSを書き出し，distillerでjob optionをPDF/X-1a:2001に指定してpdfを作成しても同じですか？

ありがとうございます。いま自宅なので検証できませんが、
明日試してみたいと思います。ただ、気になるのが、PDFプリセットから「最小ファイルサイズ+Web表示に最適化」にしたときにはこの問題は発生しませんでした。ちょっと逆のような気がしますが。

>PDFプリセットから「最小ファイルサイズ+Web表示に最適化」にしたときにはこの問題は発生しませんでした

不思議ですね。最小ファイルサイズを選んでも、フォント埋め込みされます。OTF新ゴのインストール先はどこなんでしょう？

また、新ゴはPr5(Adobe Japan 1-5仕様)ですか？だとすると、FontbookでPr4の方を使用停止にしているとか。ご確認ください。

PDF書き出しで新たな問題が発生しました。
今度はヒラギノ明朝の一部で□にバッテン印が付くようになってしまいました。（新ゴはなぜか直っている？）
この書体は他にも使用箇所があるのですが、特定の部分だけがきまって□にバツです。

NCさんのやり方だと、いずれも文字化けは起こりませんでした。
しかし、Indesignからブックマークやハイパーリンク機能を読み込みたいためちょっと都合が悪いです。

>新ゴはPr5(Adobe Japan 1-5仕様)ですか？
どこで確認すれば良いのでしょうか？
ヒラギノはシステム/ライブラリ/fonts
新ゴはユーザー/ライブラリ.....の中にあります。
>FontbookでPr4の方を使用停止に
重複はしていないようですが。

モリサワのサイトには、OTF新ゴのインストール先はシステム/ライブラリ/FONTSとなっています。ユーザー/ライブラリ…以下ではなく。

ユーザーアカウントでアクセスに制限がかかっているのかもしれませんね。管理者権限の新規アカウントで試してみてどうでしょう

>OTF新ゴのインストール先はシステム/ライブラリ/FONTS
訂正です。HD直下のライブラリ/FONTSみたいです。