もう少し詳しく書いていただけますか。
※1つめと2つめの見出しの文字サイズ、行送り、行取り、フレームグリッド設定等

こんにちは。返事が遅くなってすいません。
見出しは、２つとも同じ段落スタイルで、本文と同じQ数で、ゴシックになっています。段落スタイルのグリッド設定で、行取り：２行になっています。
本文は、13Q、行送り27です。フレームグリッドに流しており、見出し以外は、フレームグリッド設定と同じ段落スタイルを当てています。
よろしくお願いします。

これは行送りが文字サイズの2倍を超えているからです。
例えば、見出しの前にも本文がある場合には、
1つめの見出しが2行取りじゃなくなっていませんか？

フレームグリッド使用時には、段落パレットのパレットメニューにある
「ジャスティフィケーション」のデフォルトは「100％」になっています。
そのため、行間が100％（この場合13Q）を超えるとこの現象が現れます。

とりあえずの対処法としては、見出しの段落スタイルに
「段落前のアキ」を適用して下さい。
多分、1mmぐらい適用すれば大丈夫かと思います。

こんばんは。
教えて頂いた通りにすれば、希望通りのものが出来ました。仕組みもよく分かりました。
ありがとうございました。またよろしくお願いします。