正規表現の置換について

CS4です。モノルビ指定でいただいているファイルをグループルビにしたく、変換を試みています。indesign上の置換では方法が見つからず、テキストベースで試しているところです。

検索
([一-龠]+)\((.+?)\)([一-龠]+)\((.+?)\)

置換
\1\3\(\2　\4\)

で、

教(きょう)会(かい)

を

教会(きょう　かい)

とすることはできたのですが、文章が長くなってくるとうまく動きません。根本的に正規表現の表記が間違っているのでしょうか？

質問とは少しズレますが…
「教会(きょう　かい)」は「教会(きょうかい)」としなければなりません。
※つまり、スペースは不要…ルビ文字となってしまいます。

正規表現が間違っているのではなく、二文字ずつしか変換できないのが原因でしょうね。

教(きょう)会(かい)式(しき)結(けっ)婚(こん)式(しき)

ですと、頭から機械的に二文字ずつ結合して

教会(きょう　かい)式結(しき　けっ)婚式(こん　しき)

になってしまいます。
単語の区切りを確かめながら処理していくしかないと思うので、正規表現で一括置換は無理ではないでしょうか。

ご返答どうもありがとうございました！
週末に入ってしまい、お返事が遅くなってしまいすみません。

works014様
グループルビにしたい、と誤解を招く表現をしてしまいました。実際はモノルビの仕上がりにしたいのですが、一文字づつ振られていると修正作業の際に都合の悪いことが多いため、(きょう　かい)という処理になっています。申し訳ありません！

SUbi様
正規表現が間違っていないと分かっただけでもよかったです！　確認しながらの処理は現実的ではないので、別の方向からの処理を模索したいと思います。ありがとうございました。

プラグイン「ルビフィクサー」を使えば一発なんですが……
そんなことは聞いてませんね(^_^;

ジーコ様
それを含めて検討中なのですが、ちょっと進行中のものが間に合わないので質問した次第でした。ありがとうございました。