正しいライセンスのOpenTypeまたはNew CIDフォントなら正しく処理できます。

Kさん，レスありがとうございます．

あまり参考にならないかもしれませんが，自己解決したので一応書いておきます．
CSで合成フォントを作成し，CS2で開くとフォントがはずれてしまったので，
・CS2で新規に合成フォントを作ると問題なしだった．
・リュウミンRを使った合成フォントは問題なかったので，
　リュウミンBの指定をリュウミンRにして保存
　その後リュウミンBに指定しなおし
という手順を踏むと「フォントがありません」の表示は出なくなりました．

たぶん、CIDフォントをお使いと思います。CSとCS2でCIDフォントのフォント名とウエイトの表現方法が変わりました。CSで作成した文書をCS2で開くと、本文で直接設定されているCIDフォントは正しく処理され、同じフォントは合成フォント内でも正しく処理されますが、合成フォント内のみで設定されているCIDフォントが正しく処理されないようです。

New CIDフォントを合成フォントとして定義されているInDesignの旧バージョンの文書をInDesign CS2で正しく識別されるように修復するCIDFix Plug-inをFreewareとして公開しました。

一部修正しましたので、本日午後5時以前にダウンロードした方は、もう一度ダウンロードして差し替えて下さい。