先の質問で環境を書くのを忘れました。iMAC OS10.4.6でインデザインCS２を使っています。よろしくお願いいたします。

すみません。だいぶあせっていて……。もう一つ追加のコメント。置き換えというのは、一括変換のことです。

フォントは何を使ってますか？

「検索／置換」の機能を使用してコカギ（u+FE41）への置換は可能ですが、
（u+FE41）のユニコード番号を持つ字形は複数存在します。
#小塚明朝Proを例にすると異体字（aalt）を含めて4つ

そのため「検索／置換」の機能では目的の字形に置換できないケースもあります。
その場合は、タグ付きテキストで配置すると、目的の字形へ置換できます。

いき様、yuji様、まずい投稿の仕方なのにお返事いただけてうれしいです。書体はモリサワOTFでリュウミンR-KLを使っています。自分では、置き換え自体ができなかったと早合点していましたが、調べてみるとコカギ以外の別のカギに置き換わっていました。ということは、「タグ付きテキストで配置」しなくてはいけないのですね。掲示板で今まで横目で見てやり過ごして来た、「タグ付きテキストで配置」を勉強します。なにか取っ掛かりのヒントを教えていただけませんか。よろしくお願いいたします。

テキスト中の括弧を1つだけコカギ（u+FE41）に置換した状態でタグ付きテキストを書き出してみて下さい。
他の括弧とどのように違うかを見比べて、すべての括弧をコカギ（u+FE41）と同じにして、再度InDesignに配置してみて下さい。

私はLCSさんのTools+を使っています。CID指定で686を12123、687を12124、688を12125、689を12126へ一括変換しています。その他、Unicodeが同じ異体字やUnicodeを持たないCIDにも変換できて、重宝しています。

小カギだけでしたら、フォントを自作してしまうのも方法では？
もちろん通常の大カギ（「」）のコード位置に小カギを入れるのは言うまでもありません。

入稿方法によっては不可かもしれませんが、
カギカッコだけ小カギデザインを持つ書体に置換するという方法もあります。
ヒラギノなんかは比較的小さなカギカッコのデザインですよね。

＞入稿方法によっては不可かもしれませんが、
＞カギカッコだけ小カギデザインを持つ書体に置換するという方法もあります。
＞ヒラギノなんかは比較的小さなカギカッコのデザインですよね。

ヒラギノOpenTypeならどのOSXにも入っていますから、合成フォント機能を使って「特例文字」でカギカッコのコードだけヒラギノに
フォントを置き換えればデータ出稿も大丈夫そうですね。

みなさま、たくさんのご助言をありがとうございます。まずはタグ付きテキストにチャレンジ。書き出し・読み込みをしてみました。が、なぜかOSAKA書体で読み込まれてしまい、その状態では小カギが表示されていましたが、OSAKAをリュウミンにフォント置き換えすると小カギが大カギに戻ってしまいました。文字スタイルにひらぎのを登録しておき、置き換え形式を設定して置き換えようとしましたが、これではQ数が一定になってしまいやはりダメでした。フォントを自作する方法、「特例文字」で置き換える方法、まだ十分理解できませんがチャレンジしてみようと思います。たくさんの助言をいただきなんとかなると気持ちが落ち着きました。あと１日、頑張ってみます。本当にありがとうございます。

parrot様の教えて下さった合成フォントに特殊文字の設定を付け加えて使用する方法ですっきりうまくいきました！　こまごまとした処理もそのまま残っています。本当にありがとうございました。掲示板のありがた味を実感！ほんとうにありがとう！

Windowsにはヒラギノが入っているとは限りませんので、出稿先の環境（CS2のデータ入稿を受け付けているところならおそらく大丈夫でしょうけれども）をよくご確認くださいね。

いき様　ありがとうございます。出力先もMACであることを確認しました。PDFデータで納めることになっています。いろいろありがとうございました。みな様、またよろしくおねがいいたします。