冷たいこと言って申し訳ございませんが，
>　試したワークフローとしては、それぞれのアプリからDISTILLERでPDF化し、InDesignCS2でPDFを配置、拡大縮小やレイアウトをし、マスターにページ番号を付けて、小冊子のドキュメントが完成。
これだけのことをやったら検索はまず無理だと思います。
InDesignからデータ書き出しでpdf作成しても，配置したpdfから文字列が検索できるかどうかは解りません。

文字列検索可能を確実にするには，
WindowsのWORD、エクセル、一太郎と、各アプリで作成されたデータを直接配置し，データ書き出しでpdfを作成するしかないと思います。

＞どうやったら文字列検索の出来るPDFが作成できるでしょうか？

＞小冊子の状態で文字列を検索出来るPDF。
もう一つの方法としてはInDesign上でハイパーリンクと検索機能を設定し，データ書き出しでpdfを作成する。

文字列検索機能を生かそうとすると，WordやExcelや一太郎のpdfの流用はかえって手間になります。

＞各アプリからはジョブオプションprintで。
いっそのことInDesignを通さず，Acrobatから「文書」→「ページ挿入」でpdfを生成するのはダメなのですか？これならば，（Wordなどで縦書きを使っていなければ）文字列検索は確実だと思います。

NCさんありがとうございます。
やはりムリですか。
現状で、検索用PDFを小冊子に似せて各アプリから作成しています。
現状の問題点は、各アプリでページ番号を同じ位置に付けるのが難しい、B4用紙設定のドキュメントをA4に縮小したときページ番号の文字サイズを算出。など。
月に３～４本入稿するもので、クオークからInDesignに移行して、なんとかスマートに出来ないものかと思ったのですが残念です。

ScanPaper for PDFを使用して希望のデータが作成可能か検討してみます。
ありがとうございました。

簡単なテストデータ（WordやPower Pointなど）で試してみると、ちゃんと検索できました。
おそらくNCさんは過去にトライしてダメだったのだと思いますが、特定条件などありますか？

インデサインを使用しないで、PDFを面付けできれば良いのですよね。
QBox・QI＋っていうプラグインがあります、これならお望みの事ができると思います。
http://www.uenocorp.co.jp/japan/jpframe.html

問題が解決しましたので、ご報告します。
Times New Roman　が、影響していたようです。
フォントを置換したら、PDF/X-1a書出をして、印刷と文字列検索用PDFと１本化できました。
意見をくれた皆さんありがとうございました＾＾