IMEは何をお使いですか？
UNICODE対応のIMEなら\記号（U+00A5）を単語登録できますが。（MS-IME 2000で問題なくできました）

＞IMEは何をお使いですか
IME Natural Input 2003になっていましたのでIME Standard 2003に変更し、Windowsも再起動してみたのですが、単語登録してもカナ変換でも￥マークが逆スラッシュで表示されてしまいます。
お～まち様のところで再現できないのなら、固有の問題かもしれません。

確認ですが、単語登録する文字はユニコードの0x00a5ですよ。0x005cではありません。
IMEパッドでいうと「文字一覧」にしてコードは「シフトJIS」ではなく、「Unicode」にします。登録する文字は「 [ 」と「 ] 」の間にある「 \ 」ではなくて、その5行くらい下の「￡」の2つ右、「§」の2つ左にある「 \ 」です。

確認したところ、お～まち様のおっしゃる通りでした
初歩的なことで対応していただき有難うございました。