フォーマットと小口の内容（どんなものを配置するか）によるのですが、
僕の場合は添付の画像のようにすることがあります。
デザイン的なフォーマットはマスターで用意しておき、
小口に配置するものはテキストフレームにアンカー付きオブジェクトなどとして
ドブの外に用意しておきます。
テキストフレームに入れるのは位置の調整をインデントなどで処理できるからです。
あとはドブ外のオブジェクトをコンテンツ収集ツールで一旦収集し、
リンクとして各ページに配置します。
リンクとして配置するので、オブジェクト自体の入れ替えも更新だけで済みますし、
前述の通り位置を移動する場合もオリジナルのインデントを調整したり、
場合によっては段落スタイルに登録しておいてそれを調整したりします。

ちょっと分かりにくいでしょうか…？

uske_Sさま

小口のインデックスにするオブジェクトについては、
ちょっと理解するのに、時間がかかりそうです…。
恥ずかしながら「アンカー付きオブジェクト」「コンテンツ収集ツール」なるものを使用したことがなく、試しにちょっとやってみましたが、まるでうまくいきません。

すごく初心者的な質問なのかもしれませんが、
どういった理由で、「アンカー付きオブジェクト」というものににするのでしょうか？
「コンテンツ収集ツール」は、後で変更があった時のために、一括で同じオブジェクトを変更するため？ということで合ってますでしょうか。

ネットで他にも調べてみましたが、インデックスには「ブック機能」というのも使えるようですね。しかし使用したことがありませんでした。

今回約20種類200箇所にインデックスを配置する必要があり、私には難易度が高いですがなんとかしてものにしてみたいです。できるまでに時間がかかりすぎで無理そうなら、泥臭く200個我流で配置することになります。（＾＾；）
取り急ぎヒントをありがとうございました。

「アンカー付きオブジェクト」の機能を勉強していくうちに、別の箇所に適用したところ、新たな疑問が発生してきました。
別途質問を立てます。よろしくお願いします。

>どういった理由で、「アンカー付きオブジェクト」というものににするのでしょうか？
オブジェクトを文字として扱えるようにするためです。
もっと有り体に言えば、左右インデントやベースラインシフトで
オブジェクトの位置を調整することができるようになります。
特に正規表現スタイルで「~a」をアンカー付きオブジェクトとして扱える利点が多々あります。
この辺をデータの挙動でお見せ出来ないのが残念です(^_^;)
また、別件の質問も拝見しましたが、
別の方が返答されていらっしゃったので、それで解決できると思います。
アンカー付きオブジェクトは（不具合もありますが）InDesignを自由にするひとつのツールです。
お手元でいろいろ試していただき、是非とも手足のように使えるようになってくださいませ〜。

>「コンテンツ収集ツール」は、後で変更があった時のために、一括で同じオブジェクトを変更するため？ということで合ってますでしょうか。
これはおっしゃる通りです。ですが初手はすべて手作業になります。
初校以降を安全で楽に作業するするための作業、と割り切って最初に仕込むんです。

>インデックスには「ブック機能」というのも使えるようですね。
ブック機能と小口のインデックス（ツメ）は必ずしも連携してないような気がしますが…？
ブック自体はドキュメント間でノンブルを通したりマスターを共有したり、
スタイルを統一したり幅広い用途で使えますが、
小口のインデックス（ツメ）を作成するような機能はなかったように思います。
恐らく、索引という意味でのインデックスかもしれません。
ブックを使って、複数ドキュメントから目次や索引を通して抽出することができます。

uske_S様
説明ありがとうございます。

「アンカー付きオブジェクト」と「コンテンツ収集ツール」を両方使いこなすは私にはまだ複雑なので、
自分でこうするといいのかな、と思ったのが、
マスターページに、テキストフレームを置いておき、アンカーオブジェクト設定を、小口の位置の数だけ用意しておき、その都度、オブジェクトにアンカーオブジェクトのスタイルを適用する、ということです。
しかし、机上の計画どおりにはいかず、位置がなぜか変わりません…。
小口に「アンカー付きオブジェクト」を使いこなすには1週間ぐらいかかってしまいそうなので、今回は見送るしかないかもです…。

ブック機能を使ったツメの処理は、このようなものを見ました。
http://mottainaidtp.seesaa.net/article/390432916.html

一応、見本のようなものを
https://www.dropbox.com/s/n9p69dkv0ryq2z2/%E3%83%9E%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%81%A8%E5%B0%8F%E5%8F%A3.indd?dl=0
に置きました。
時間のあるときにでもいじくってみてください。
これはアンカー付きオブジェクトはデフォルトのまま、
段落スタイルで位置の調整を行ったものです。

一朝一夕にはなかなか扱いにくいとは思いますので、
遊び感覚でいろいろ試してもらえればと思います。
ただし、アンカー付オブジェクトやマスターアイテムのオーバーライド、その他様々な機能の組み合わせは、
データ上だけでなく、PDF書き出しまでしてみて、
問題がないかどうか必ずご確認ください。
意外な動作をすることもありますので。

>ブック機能を使ったツメの処理は、このようなものを見ました。
照山さんのその記事は、Glyphsというアプリケーションで
ツメ専用のフォントを作られています。
ですので、おいそれと真似できる代物ではありません…(^_^;)

uske_Sさま
ご親切にありがとうございます。
しかし残念ながらダウンロードしてもファイルが開けず、プレビューもできません…。