PDF/X-1aでは出力されず、高品質印刷では出力されるとなると、
大きく影響するのは透明情報の保持になってくるため、
透明の分割によって何か問題が起きている可能性が想定されます。

まずは、同じように透明保持をするPDF/X-4でどうなるかの確認や、
透明の分割・統合でどのような表示になるのかのチェックを行ってはどうでしょうか。
もちろん、透明関連の問題と断定できるわけではありませんから、
該当ページのデータ状態などの確認を細かくチェックする必要がありそうです。