私も面倒くさがりで直接書き出しばかりしてますが…(^^;)
直接書き出しではできないことがいくつかあると言うか…

たとえば、4C画像を配置してその一部にかかるように透明を使用した
オブジェクト（たとえば文字＋ドロップシャドウ）を配置してください。
そして直接書き出しして、そのPDFを高解像度で出力（セッター含む）
してみるとわかると思います。
インクジェット等だとわかりにくいのでクレームが出やすい例です。

>インクジェット等だとわかりにくいのでクレームが出やすい例です。

なるほど～。透明を高解像度で処理させれば同じかと思ってましたが、そういうこと（バグ？）もあるんですね。↓にあるように、入稿するときはPS経由でしたほうがいいっていうのもこういうことなんでしょうか？
でも、私も直接書き出しのほうがブックマークも出来るし、変換まで全部自動でやってくれるからたいてい直接で作ってますね。（PS作るの待って、ディスティラーにかけて待って、は面倒！）
印刷用にはやっぱPS経由のほうがいいんですかねぇ。。。でもここらへん、アドビもはっきりとどっちがいいとか書いてなくて、場合による、みたいな、ちょっと濁してる感じですけどね。

もともとPDFはPostScript言語を簡略化したデータで、実は「透明度」という概念はPostScript言語自体にないものです。
したがって、「透けて見えるようにビットマップ画像を作っている」のが現実で、そのために出力解像度がやたら問題になるわけです。
直接書き出しが良いか、PS書き出ししてからDistillerにかけてPDFを起こすか一概に決められないのはこのためです（文字がおかしくなる場合もあるようですし）。
先日、「プラグインを1つ作るだけでもInDesignそのものを作るだけの知識を必要とする」という書き込みがありましたので、それだけこのソフトの構造は複雑で、ちょっとしたプログラミングがそれぞれのプラグイン間で矛盾を生み、バグを引き起こす可能性は十分にあります。

>直接書き出しが良いか、PS書き出ししてからDistillerにかけてPDFを起こすか一概に決められないのはこのためです（文字がおかしくなる場合もあるようですし）。

そんな理由があったんですね。。。私は単に作り方の違い程度だと思ってました。
なるほど、ネイティブ形式は直接書き出しが（インデザイン上でPSに変換する？）、EPSならPSがよい、というのもそういう理由なんでしょうか。

＞（インデザイン上でPSに変換する？)
違います。
直接InDesign自体がPDFを生成しています。
途中でPSファイルを「変換はしません」。
ただ、どのアプリケーションからもDistillerにPSファイルを投げ出せばある程度同じ結果が得られる
（とはいえ、PSファイルの内容によって当然結果も変わりえます）ので、仕事の流れが決まっているのであれば工程を統一されたほうがよいでしょう。

追伸：管理人様
投稿フォームの横幅をあと10文字分くらい長くしていただくのは難しいでしょうか？

投稿フォームの横幅を少し長くしてみました。

管理人様
ありがとうございます。
元のテキストを引用する時に、フォームの横幅が幾分長めだと作業しやすいので助かります。