お返事をいただく前に試行錯誤してみました。
表示されているページの文字ボックスを連結ツールでクリックし、
アイテムが消えてしまったページ上でクリックしたところ「境界線ボックスを作成できません」と出ました。

新規にページを作成し、そのページの文字ボックスへは連結できました。
そして、消えてしまった文字ボックスの文字がそこに出てきました。
今はともかくこの方法でデータを再現することを進めています。

しかし、このような消えてしまう症状は、何か無意識にアイテムを隠すコマンドを押してしまったんでしょうか…。（イラレでそういったコマンドはありましたが、インデザインでありましたか？）
まだ原因が解明できておりません。

すみません、さらに捕捉です。
文字はボックスが連結され、文字の流れは復活できたのですが、
そうしたところ、アイテムが消えたページの後に表示されていたページの画像（文字ボックスに回り込みで配置していました）が消えてしまいました。

その連結とは関係のない他の文字ボックスは無事です。

InDesignでも隠す／表示機能はありますよ。
恐らくですが古いバージョンのデータを開いた時に出るバグかと思います。
こちらは「全ストーリーを再計算」すると表示されます。
画像にありますがデフォルトのショートカットは忘れてしまいました（たしかctrl+alt+shift+テンキーの/）
出力直前にも忘れずにご確認ください。

Cymk様
助言ありがとうございました。前の症状については、我流でページを作り直して対処してしまいました。

しかし、また同じ文字ボックスがあるページで、別のおかしな症状が出てしまいました。
ある1見開きが添付のようになってしまっています。ページサイズをページツールで調べてみると、サイズが縮小された訳ではなく元のサイズの数値が出てきます。部分的に文字を追加したらこうなりました。

「全ストーリーを再計算」書き出したファイルをインデザインで開き直すというものですなんですね。
しかしそれをやってみたのですが、文字が全てリフロー状態で何にも見えません。。。このファイルにこの手は使えないようです。

他のページでは問題が出ていないのですが、回り込ませている画像に問題があったりするのでしょうか。

この先、ここをいじる度に我流でレイアウトを構築し直す必要があるのかと思うと恐怖です。またこのファイルを入稿してもいいものか心配です。

すみません、前の投稿で添付しそびれました。

画像を見ましたが先のアドバイスは見当違いでした。
想像以上の症状に心中お察し申し上げます。
https://helpx.adobe.com/jp/indesign/kb/cq12191809.html
オフィシャルのトラブルシューティングの案内などと当たり障りのない事しか言えずにすいませんが、OS・ハードの情報や上記の色々を試した結果などアップされると、よりよいアドバイスができるかも知れません。
お試しください。

想像以上の症状ですか…。
なんだかOSにも関わってきそうな事態なんですね。
FONTBOOKのフォントの有効無効も効かないので、OSが関連してそうな予感です。
リンクありがとうございます。まだ入稿前なのでいろいろ実行するのもこわいですが、もっと酷くなってきたら試してみます。

ちなみに、当方のOSは10.9.5、PCはMacBookPro（2014年製）です。
CS6の動作確認が取れているのは、たしかOS10.8までだったと思います。
OSを下げて入れ直した方がいいのかも…と思っております。