さて CC で解決しているでしょうか？

>手動でインデントがない状態にする
…がよくわかりませんが、
回り込みオブジェクトのオフセットで調整するほかありません。

特例として（横組の場合）一行きりの段落なら、左のインデントのみ、1行目左／上インデントを代用することでインデントの無効化を回避できます。

ずいぶん前から言われていた現象と思いますが、今のところ、そういう仕様のようですね。

コメントいただいた方々ありがとうございます。
前から改善されていないことのようですね。皆さんはどう対処されているのでしょうか…。

（z-）様
すみません、書き間違えました。
>手動でインデントがない状態にする
↓
手動でインデントの状態にする
です。

インデントがなくなってしまい天付きになってしまうので、
回り込みのオブジェクトが絡む箇所は個別に2字下げとかにしているのです。

修正されないバグ（仕様）ですね…
私はそんな場合にはフレームを分けてしまいます。
※仰る通り、手動で仕方なく変更した部分の見落としが怖いためです。

works014様
バージョンCS6にもなっても改善されていないバグとは…困ったものですね。
それで、書かれている「フレームを分ける」とは？　インデントの部分を他より幅が短いものにするというのを想像しましたが、オブジェクトが移動した場合でも気をつけなくてよい状態になるでしょうか？

言葉足らずで申し訳ありません。フレームを分けるというより、
「回り込み機能を使わない」と申し上げた方が適切だったようです。
（私の一般的な案件の場合）あまりややこしい回り込みはないので、回り込みオブジェクトを配置する部分をカットしたフレームを作成して、そこに流し込めば特に問題はないのでそうしています。フレームグリッドでなければ位置などが面倒でしょうけれど…

works014
捕捉ありがとうございます。こちらの想像を図説してみましたが合っていますでしょうか？（テキストボックスの形はピンクにしてあります。あとイラレなのでインデザインと多少違う箇所もあるかもしれません。）
そして問題も記載しております。テキストが動いた場合はどうでしょうか？

q3さん，こんにちは。

works014さんがおっしゃっているのは，たぶんこういうことではないでしょうか？

＞バージョンCS6にもなっても改善されていないバグとは…困ったものですね。
　あ〜、バグではなく、明確に（いまさら変更できない）仕様です。
　インデントは、所属するフレームの天（左）からの距離です。回り込みオブジェクトがある場合、回り込み量がインデントを超えればインデントは結果的に無視されますが、小さい時は生きてきます。

　この仕様を「修正」してしまうと、過去データすべて大きな影響を受けます。従って、希望する動作をさせるなら、新たなコマンドを作るしかありません。

あっ、覗いていませんでした…私の申していましたのは、Uske_Sさんが仰っている通りです。
当然、回り込みオブジェクトが動いたりテキスト量に増減があると変更せざるを得ませんが、フレームグリッドなら適当にドラッグするだけで修正は可能かと思いますよ。

フレームグリッド分断の代案を思いついたのですが、使えるかどうか。
添付M10%のような長方形を背面にひき、回り込みを適用しつつ「反転」にチェック入れます。
インデントは同様に埋もれてしまいますが、取り回しは少しラクになるような気がしなくないですか。

すみません、ちょっと無理がありました…実用に遠そうです

無理やりですがこういう方法もあります。
https://forums.adobe.com/message/7621622#7621622

「ここまでインデント」は（一応解決されたはずですが）バージョンによってインデント位置がずれるバグがありましたのでご注意ください。

皆さま
沢山の案をありがとうございます。お返事に間が空いてしまい申し訳ありませんでした。

＞字下げにしたい箇所を別枠にする案について

説明不足ですみません。
前の図説でお見せしているように、字下げしたい箇所が本文とは異なった体裁の「見出し」でして、よって行が移動した場合（別ボックスから動いた場合）に、「見出しが字下げしているように見える」という状態がなくなってしまうという問題があります。

>Subi様のリンク
今あまり時間がなくゆっくり読めていないのですが、不明点がある場合あらためて質問させていただきます。

しかし、この問題は仕方がない仕様なんですね。困っている人はけっこういると思うのですが…。

＞「見出しが字下げしているように見える」という状態がなくなってしまうという問題があります。

とはなりません。
ご自身でやってみれば判るとおもいますが…
別フレームにするのは、
単に回り込みとの関係を無視するためですから。