マンボさん、こんにちは。

要するに、InDesignファイルに配置しているリンクが内包するリンクファイル（いわゆる孫リンク／孫ファイル）もパッケージと同時に収集したいということですよね。

InDesignの標準機能だけで自動で行うのは難しいです。
スクリプトで解決する方法がベターかと思いますが、それも簡単ではありません。
BridgeTalkを利用してアプリケーション同士で連携を行うか、XMPメタデータから孫ファイルを辿ってファイルオブジェクトとして処理するかの２通りが考えられます。
後者については以下のページのスクリプトが参考になるかと思いますがデータの構成などによってはうまくいかないでしょうし、内容自体が一般的なスクリプトとまた違ったアプローチですので非常にとっつきにくいものです。
http://chuwa.iobb.net/tech/archive/2014/11/post-28.html
http://chuwa.iobb.net/tech/archive/2015/01/collector.html
サイトにもある通り「動作するコンセプトコード」のレベル、つまり完成されたスクリプトではなく、こういうコンセプトでこんなことができますよ、というレベルのスクリプトです。
もし実務として利用される場合は、収集されたデータをつぶさに確認するなど、確認の手間を惜しまないようご留意ください。