>Mac OS10.3.9のインデザイン
InDesignの方のバージョンを書いてくださいね。
OS9ではCS以上は使えないけど、OSXなら2.0も使えますよね？

おそらくはCS以上をお使いだとは思いますが……。

折りトンボを含む範囲まで印刷可能領域を設定しておき、プリント時に「印刷可能領域を含む」をチェックします。
そうすればInDesignのトンボも普通にオブジェクトの線でつくった折りトンボも出力できます。