新規ドキュメントに「配置」で元ファイルを配置して、ノンブル部分の上に「新規ノンブル」のフレームを重ねて隠す方法では？
※「読み込みオプションを表示」で配置頁を指定可能です。

ブック機能ではだめなんでしょうか。

works014様>>
アドバイスいただきありがとうございます。
以前元ファイルを配置したものをPDFにした際に、崩れなどのエラーが出たことから、「InDesignの配置」は禁止しております。
また、あと最低でも2回は校正がはいるため、配置だと「修正→リンク更新」の作業が行われるため出来たらこの作業をさけたいと思っております。
そのため、「PDFを配置し、新規ノンブルを上にのせる」方法も避けたいです。
情報提供不足とわがままな希望で大変申し訳ございません。

お～まち様>>
アドバイスいただきありがとうございます。
現在、50頁分ごとにデータをわけている作りとなっております。
そのため、1頁につき1データでないため、ブック機能での並び替えが出来ない状態となっております。
説明不足で申し訳ございません。

たとえばですが
・ページ番号の代わりに連結テキストフレームの［箇条書き］でノンブルを作成
・箇条書きをテキストに変換

したものをフレームの塗りを紙色にして実際のノンブルに上位レイヤーで重ねておき、
ページを任意に並べ替え、確認、
用が済んだらそのレイヤーを非表示、
みたいなトリッキーな方法なら、あるいは。

どこかでスクリプティングが必要になる可能性はあります。

・自動ノンブルを、専用のレイヤに移動する。
・固定ノンブル用のレイヤを作って、固定ノンブルをスクリプトで作成。
・移動作業中は、自動ノンブルを隠して作業。
・作業終了後に固定ノンブルを削除し、自動ノンブルを出す
みたいな方法が現実的では。

.さんの方法が現実的ではと思います。
特定のレイヤーのノンブルをオーバーライドで固定する方法は
https://forums.adobe.com/thread/438115
このスレッドでKasyan Servetskyさんが提示しているスクリプトのレイヤー名を書き換えれば可能です。