» 001
＞また、イラストレータでトンボにレジストレーションで色を指定してあると、
＞ファイルの破損の原因になるのでしょうか？

何を根拠にそんなことを？
そもそもデフォルトでレジストレーションになるでしょう。
Illusrratorにおけるレジストレーションってーのは、
使用版全部、って意味です。
例えばCMYK+特1で何かを作って、レジストレーション指定した場合、
5版分出力されるってことです。

» 002
たとえ１色でもトンボに関してはレジストレーションで問題ありません。トリムからそのままトンボにすれば良い。余計な事をしないこと。

» 003
＞印刷会社さんからしてみたら、CMYK100の色指定にした方がいいのでしょうか？

たぶんこれは、2chかなんかで、
「２色なのに、なぜかトンボはレジストレーション。素人か！？」
みたいな、バカな書き込みを見て疑問に思ったんでしょ。

» 004
ご意見ありがとうございます。大変、参考になりました。

入稿先の印刷会社さんによって、指示してくる所と、してこない所があるので、質問しました。