> ぼかしの効果が原因で出ているものだと思うのですが。

おそらく　その通りだと思われます。
スポットカラーの透明効果は、出力時にCMYKのプロセスに変換されますので透明度警告が、出て来てると思われます。
Illustrator9.0・10.0（CSは不明？？）のスポットカラーの透明効果は、出力時によくトラブルが発生します。
出来ましたら使用しないようにしてください。