> 次にファイルを開いた時に認識しませんが
> これはイラストレーターの仕様なんでしょうか？

画像とレイアウトデータを同じ階層におけば認識されると
思いますがそういうことではなくて？

> 画像とレイアウトデータを同じ階層におけば認識されると
> 思いますがそういうことではなくて？

ええ、同一の階層でも認識されないんです。
試しに同じ画像を同一データに2点配置し、
＜1＞リンクボックスでもう一度置き換え。
＜2＞イラストレーターに移った時の更新のみ。
で確認してみたところ、やはり保存してももう一度立ち上げた時に、
＜2＞はサイズが変更されるようです。
注意していればそこまでたいした問題でもないのですが。
少し気になって質問させていただきました。

確認なのですがIllustrator上に配置した画像の大きさを変更されたくない
ということなのでしょうか？

配置した画像のサイズをPhotoshopで変更してIllustratorに戻ったときは、
変更前のレイアウト上でのサイズが優先されて更新されるようですが、保存
後に再度ファイルを開くと画像が本来のサイズが優先されるのが仕様みたい
です。（要するに元画像のサイズを編集した場合、更新はアテにならない）

ですので、レイアウト上のサイズを維持したいのであれば、Illustratorに
戻ったとき表示されるメッセージで更新をしないで、画像を配置しなおすし
かないんじゃないかな。（更新をしないのは元々画像のあった位置を確認す
るため）

先日あれからいろいろと試してみたのですが、
psd形式ならイラストレーション上に戻り更新した時点で画像の変更がされてしまい、
eps形式なら保存してもう一度立ち上げた時点で変更されるようです。
psd形式のクリッピングパスで切り取った画像を、
配置から埋め込みに変更した時画像の解像度が変更されしまう
問題がありますよね？（9.0では解消されているようなのですが）
それ関連のトラブルなのでしょうか？
実際ほとんどこういった作業を行なうことありませんので
別に気にしなくていいのですが不思議になって質問させていただきました。
（今回たまたまそういった作業をおこない、「ん？」となりましたので。）
ありがとうございました。