読み込みオプションを「バウンディングボックス」にするとうちではうまく配置されます。

ＣＳ2では「境界線ボックス」です。ころころ名称を変更するはやめてもらいたいですけど

ありがとうございます。さっそく会社で試してみます。AIファイルには、psdの画像を配置しています。eps配置のように再度AIファイルを開いたときリンクが維持されていればいいのだけど。不思議なことにpsdの画像とeps画像ではかなりファイル容量が違うのにそれぞれを含めたAIファイルの容量は同じになりますね。
いろいろ選択肢（配置できるファイルの種類）がふえて便利ですが、その分難しいですね。日々勉強ですね。

「バウンディングボックス」では、一回り大きく取り込まれるので、AIファイルに取り込みたいサイズでトリムエリアでのトンボを入れることにしました。
一回り大きいサイズになるということは、イラレでいうバウンディングボックスとは違う意味合いなのでしょうか？

https://dtp-bbs.com/indesignbbs/archives/5620ai_20050102200800.html

↑こちらのMM岩手さんの解説が理解しやすいのではないかと思います。

さらに：

http://dtpwiki.jp/?PDF%281.3%29%A4%CE%A5%B5%A5%A4%A5%BA%A4%CB%B4%D8%A4%B9%A4%EB%CD%D1%B8%EC

なお、AIファイルというのはPDFファイルと同様に扱われますので、
ユーザーインターフェイスも無理に翻訳せずに
ArtBoxとかTrimBoxのままでいいじゃんって個人的には思います。

*PitStopだとまた別の言い回しを使ってたような気がします。