色の変換

お世話になってます。
現在、InDesignで2色のページ物の仕事を毎月取り扱っています。実際の刷り色はDIC96と黒なのですが、作業上ではシアンとブラックで作っています。
このデータをサイト上に掲載するということで、閲覧用のPDFを最後に作成しています。この時に、実際の刷り色(DIC96)に置き換えてPDFにするのですが、現状では、複数のページがIllustrator（EPS）で作られているため、一つ一つのオブジェクトをチェック（同一色の選択等）しながら、変換しています。
InDesign上ではもちろん、スウォッチの置き換えで変換しています。

……InDesignの質問ではないような気がしてきましたが…、PDFに変換する際に、何か効率よく色を置き換える方法はないでしょうか？

ちなみに最初からDICと黒で作る方法も検討していますが、これまでの印刷物向けの作業手順を考えると、シアンの方が作りやすいという結論に至りました。

EPS上ではスウォッチを使わずに着色してあるのですか？
ここのsutudy-roomの記事が参考になるかと。
http://study-room.info/id/study/main3/study60.html

InDesignと同じ、例えばシアン100％の特色スウォッチを使っているならインキエイリアスを使うのも良いかと。
ただ、インキエイリアスだと、プリンタによってはグラデが特色に置き換わってくれなかったりするようです。

＞最初からDICと黒で作る方法も検討していますが、これまでの印刷物向けの作業手順を考えると、シアンの方が作りやすいという結論に至りました。

・写真はモノクロ（墨1版）
・特色と墨の混色はしない
・特色→墨、またはその逆のブレンドやグラデは使わない

以上の条件を満たしているなら、スポットカラーを使った方が
楽じゃないですかね。

私も、イラレの時点で
スウォッチ登録した特色を使用したほうのが
スマートだと思います。

＞PDFに変換する際に、何か効率よく色を置き換える方法はないでしょうか？

とのことなので、
スウォッチ登録した特色の場合、
EPSを配置しインデでPDFを書き出しする際に
置き換えをする方法（画像参照）はいかがでしょうか？

参考までに、こちらの過去ログを紹介しておきますね。
https://dtp-bbs.com/indesignbbs/archives/5749_20050124201100.html