イラレ配置画像の出力時の色

いろいろ検索をかけて調べたのですがわからなかったので質問させてください。

illustratorCS2とphotoshopCS2で作業しています。

photoshopで色補正し、illustratorに配置して出力したEPS画像が、
photoshopから直接出力したものに比べると
M版が弱めというか、暗く劣化したような状態になってしまいます。
illustratorからの出力とphotoshopからの出力で
出力の色具合が変わるというのはよくあることなのでしょうか?
またこの画像を印刷会社に渡す場合、どちらの色味にあわせて色補正をすべきなのでしょうか?

なお、カラープロファイルはどちらもjapan color2001に設定してあります。

どなたかご存じの方、ご教授よろしくお願いいたします。
» 001
すみません、投稿してから気づきましたが、
下のヨウさんが投稿されている「インデザでのプリントアウトに関して」という質問が、私の質問とかぶっていました。
(私の場合はイラレですが……)
たぶん同じ現象だと思われますので、そちらのスレを参照させていただきます。

お騒がせしてすみませんでした。