オブジェクトが勝手に切り抜きされます

こんにちわ。
Mac OS 9でIllustrator9.0.2を使用しています。
作成したデータを開くと、グループ化していないはずなのにファイルの中のオブジェクトが全てグループされていて、グループ解除すると重なったオブジェクトが所々切り抜きされてしまっています。
また、透明効果を使用していたところが、見た目は作成した色のままですが100%の色に変換されてしまって透明効果がなくなっています。
これらのデータは、photoshopで作成したJPEGデータを配置したファイルやIllustratorだけで作成したファイルがあるのですが開く時に「カラーモードを変換しますか?」という表示が出ます。
それと、透明効果を使用してマスクを作成したオブジェクトをコピーして新規画面にペーストすると同じように切り抜かれたり分割されたりします。
透明効果を使用したファイルでこういう現象が起きているように感じるのですが、何か関係があるのでしょうか?
解決方法等がわかる方がいらっしゃいましたら、お力を貸していただけませんか?
よろしくお願い致します。
» 001
保存時にバージョンを落としていませんか?
» 002
バージョンは落としていません。
でも、9.0.2で作成したデータを保存する時に選択肢が<8.0><9.0>のように、最後の「.2」まで選べないので9.0で保存してます。
» 003
イラレの初期設定を捨ててみてはどうでしょう。
» 004
>選択肢が<8.0><9.0>のように、最後の「.2」まで選べない

いや、それはそういう仕様だから。それでオッケーです。
» 005
すみません。。。初期設定ってどうやって捨てたらいいんでしょうか?
ネットで調べてみたんですが、よくわからなくて・・・
初歩的なことかもしれませんが教えていただけませんか?
よろしくお願いします。
» 006
ハードディスクフォルダの中のシステムフォルダの中に初期設定のフォルダがあります。その中からイラレの初期設定を探し出して捨てます。イラレを起動するとまた出来ます。ただし今までの設定はみな消えます。
» 007
↑追加。私自信イラレの初期設定を捨てたことはないんですが。初期設定のイラレのフォルダを見ると初期設定とかいてありませんね。念のためそのフォルダをゴミ箱に捨てて削除しないでおいてください。(分かってる人は分かってると思うけど)。新しくフォルダが作られればOKです。
» 008
保存ダイアログで「Illustrator編集機能を保持する」にチェックを入れずにPDF形式で保存してませんか。