>通常の書き出しだと汚い線になってしまいます。

それで良いのです。
と言うより、それだけIllustrator形式の線は、他の形式に比べて、際立ってクリアだと言うことです。

しかし他の形式に書き出す際にも、極力Illustratorのクオリティを維持するコツは有ります。
どう言うタイプのイラストで、どう言うことに使いたいのか、書き出しの際にどう言う操作をしたのか、その辺が分かると助言も出来るかも知れません。

画像形式の特徴については、
http://y-ok.cn1.jp/b_koza/i_web/koza_top.html
この辺も参考に。