ページ設定について
>後でPDFファイルにしたときに、スクロールしながら何枚も見る
これはAcrobatで開いてという意味ですよね。
Acrobat DistillerがあればPSデータの書き出しを使用してページ分けすることもできますがIllustratorだけではできないです。
できますよ。
バージョンが書いてありませんので場所は違うかもしれませんが、(私は8.0なので)書類設定で『用紙サイズで区分ける』にチェック、アートボードのサイズを大きくする。(用紙設定を使用のチェックは外してください)でOK。
ページ番号が出た状態で区分けられるはずですが。